Структурный анализ группы возможных ДНК-мишеней белков RAG1/2, обнаруженных в геноме мыши in silico, и их идентификация в известных типах повторяющихся элементов

Abstract

С использованием математических методов анализа, а также специально разработанных алгоритмов установлено, что количество ранее обнаруженных в геноме мыши возможных сайтов – мишеней белков RAG1/2 (cRSS) в 5,4 раза превышает теоретически ожидаемое число. В 71 % случаев cRSS являются структурными элементами 390 типов повторов. В структуре около 5 % мотивов обнаружены нуклеотиды, типичные для большинства сигнальных последовательностей рекомбинации функциональных V, D, J-сегментов Ig- и Tcr-генов мыши (fRSS). Существование 25 % из них в ДНК анализируемого вида можно рассматривать как следствие случайных комбинаций нуклеотидов. Структуры спейсерных участков исследуемых 12cRSS и 23cRSS, как правило, имеют 58–67 и 30–47 % гомологии с аналогичными структурами fRSS соответственно.

З використанням математичних методів аналізу, а також спеціально розроблених алгоритмів встановлено, що кількість виявлених у геномі миші можливих сайтів – мішеней білків RAG1/2 в 5,4 разу перевищує теоретично очікуване число. У 71 % випадків cRSS є структурними елементами 390 типів повторів. У структурі близько 5 % мотивів виявлено нуклеотиди, типові для більшості сигнальних послідовностей рекомбінації функціональних V, D, J-сегментів Ig- і Tcr-генів миші (fRSS). Існування 25 % з них у ДНК досліджуваного виду потрібно розглядати як наслідок випадкових комбінацій нуклеотидів. Структури спейсерних ділянок аналізованих 12cRSS і 23cRSS, як правило, мають 58–67 і 30–47 % гомології з аналогічними структурами fRSS відповідно.

We have established that the quantity of possible target-sites of RAG1/2 (cRSS) is 5.4 times higher than theoretically expected one using mathematical methods and specially developed algorithms. 71% of cases revealed cRSS in the structure of 390 types of repeats. The structure of 5% motives includes nucleotides, typical for the majority of signal sequences of recombination of functional V, D, J segments of Ig, Tcr mouse genes (fRSS). The existence of 25 % of such motives in mouse DNA may be considered as the consequence of random nucleotide combinations. In the majority of cases the structures of spacers 12cRSS and 23cRSS are 58–67 % and 30–47 % homologous to spacers 12fRSS and 23fRSS respectively.