Встречаемость гомопурин-гомопиримидиновых зеркальных повторов в природных ДНК

Abstract

Проведен детальный анализ встречаемости потенциальных сайтов образования H-формы (Н-палиндромов) и других локальных гомопурин-гомопиримидиновых зеркальных повторов в различных функциональных областях природных ДНК. Получены распределения встречаемости таких сочетаний нуклеотидов относительно точек инициации и терминации трансляции.

Проведено детальний аналіз зустрічальності потенційних сайтів утворення H-форми (Н-паліндромів) та інших локальних гомопурин-гомопіримідинових дзеркальних повторів у різних функціональних областях природних ДНК. Отримано розподіли зустрічальності таких поєднань нуклеотидів щодо точок ініціації і термінації трансляції.

Occurrence of the potential sites of the H-form (H-palindromes) formation in different functional regions of natural DNAs has been statistically analyzed in detail. Statistical significance of the results is estimated using model sequences and the Monte-Cario method. It is shown that the unique frequencies of H-palindromes in all the samples, with the exception of the vertebrate introns, can be explained by the effect of the nonrandom distribution of the nucleotide runs in natural DNAs. The values of frequencies of the H-palindromes occurrence are compared with frequencies of occurrence of all the homo-purine and homopyrimidine mirror repeats with length of not less than 4 bp. and at a distance from 3 to 12 bp. It is shown that sites of picks' localization in distributions for H-palindromes and purine repeats do not correlate between themselves.