Транскрипция синтетических двутяжевых полидезоксирибонуклеотидов с повторяющимися фрагментами промоторов

Abstract

В работе изучены особенности транскрипции in vitro и in vivo синтетических двутяжевых полидезоксирибонуклеотидов, содержащих повторяющиеся последовательности Прибноу (период 10 п. н.) и «—10»-ой области ряда trp-промоторов (период 16 п. н.). Обнаружена способность подобных полимеров эффективно транскрибироваться in vitro в присутствии гепарина. Внутри исследованных дуплексов выявлены места, начиная с которых происходит преимущественная инициация транскрипции. Показано также, что в составе бактериальных плазмид короткие олигонуклеотиды, содержащие последовательность Прибноу, способны in vivo инициировать синтез РНК подобно природным промоторам.

Вивчено особливості транскрипції in vitro і in vivo синтетичних двотяжових полідезоксирибонуклеотидів, що містять повторювані послідовності Прибноу (період 10 п. н.) і «–10»-ої області низки trp-промоторів (період 16 п. н.). Виявлено здатність подібних полімерів ефективно транскрибуватися in vitro за присутності гепарину. Всередині досліджених дуплексів виявлено місця, починаючи з яких відбувається переважна ініціація транскрипції. Показано також, що у складі бактерійних плазмід короткі олігонуклеотиди, які містять послідовність Прибноу, здатні in vivo ініціювати синтез РНК подібно природним промоторам.

Peculiarities of the in vitro and in vivo transcription of synthetic DNA duplexes containing the repeats of the «ideal» Pribnow box (period 10 bp) and –10th region of trp-promoters (period 16 bp) are studied. It is shown that these polymers can be effectively transcribed in vitro by E. coli RNA polymerase in the presence of heparin. The predominant in vitro transcription initiation sites in these polymers were revealed. It is shown that relatively short synthetic oligonucleotides containing the Pribnow box as bacterial plasmid constituents can initiate the in vivo RNA synthesis like natural promoters.