Пошук подібних нуклеотидних сайтів у геномних сиквенсах фітопатогенних вірусів

Abstract

Проведено комп’ютерний пошук подібних нуклеотидних сайтів у геномах фітопатогенних вірусів шляхом послідовного співставлення двох геномних сиквенсів зі зростаючою величиною зсуву їх початкових позицій. Встановлено граничні параметри невипадкової збіжності нуклеотидів у сиквенсах, показано наявність подібних нуклеотидних сайтів у філогенетично далеких родів вірусів, уточнено систематичне положення вірусу некрозу лізіантусу, виявлено особливості локалізації подібних нуклеотидних сайтів у вірусних геномах.

Проведено компьютерный поиск подобных нуклеотидных сайтов в геномах фитопатогенных вирусов путем последовательного сопоставления двух геномных сиквенсов с возрастающей величиной сдвига их начальных позиций. Установлено граничные параметры неслучайного совпадения нуклеотидов в сиквенсах, показано наличие подобных нуклеотидных сайтов у филогенетически далеких родов вирусов, уточнено систематическое положение вируса некроза лизиантуса, выявлено особенности локализации подобных нуклеотидных сайтов в вирусных геномах.

Computational search for similar nucleotide sites in genomes of plant viruses was performed by successive comparison of two genomic sequences with increasing the displacement of their initial positions. Parameter limits of non-random nucleotide coincidence in sequences were determined, presence of similar nucleotide sites in phylogenetically different viral genera was shown, a taxonomy of lisianthus necrosis virus was specified, localization peculiarity of similar nucleotide sites in viral genomes was revealed.