Порівняльний аналіз методів екстрагування та розділення білків для протеомного дослідження білкових профілів коренів і бульбочок сої

Abstract

Найважливішим етапом у будь-якому протеомному дослідженні є екстрагування та приготування білкових зразків. Краща розчинність білків забезпечує якісніше їх розділення в гелі й, відповідно, ідентифікацію більшої кількості поліпептидів, а відтак — точніше виявлення відмінностей в експресії генів, що їх кодують. Проте низка методичних труднощів, пов’язаних насамперед зі складністю організації рослинної клітини, змушує добирати методи отримання препаратів білків у кожному конкретному випадку. В зв’язку з цим було проведено моніторинг методів отримання та електрофоретичного розділення білкових екстрактів із коренів і бульбочок сої, вирощеної за інокуляції Tn5-мутантами Bradyrhizobium japonicum на фоні різного азотного забезпечення. Відібрано найефективніші методи для подальшого виявлення кількісних та якісних змін білкових профілів сої.

Важнейшим этапом в любом протеомном исследовании является экстракция и приготовление белковых образцов. Лучшая растворимость белков обеспечивает более качественное их разделение в геле и, соответственно, идентификацию большего количества полипептидов, а поэтому — более точное выявление различий в экспрессии генов, которые их кодируют. Однако ряд методических трудностей, связанных прежде всего со сложностью организации растительной клетки, вынуждает подбирать методы получения препаратов белков в каждом конкретном случае. В связи с этим был проведен мониторинг методов получения и электрофоретического разделения белковых экстрактов из корней и клубеньков сои, выращенной при инокуляции Tn5-мутантами Bradyrhizobium japonicum на фоне различного азотного обеспечения. Отобраны наиболее эффективные методы для дальнейшего выявления количественных и качественных изменений белковых профилей сои.

The most critical step in any proteomics study is protein extraction and sample preparation. Better solubilization increases the separation and resolution of gels allowing identification of a higher number of proteins and more accurate quantification of differences in gene expression. However, a number of methodological difficulties related to complexity of plant cells leads to necessity of choose the proteomic studies conditions in each case. The monitoring of methods for extraction and electrophoretic separation of proteins of roots and nodules of soybean grown under inoculation of Tn5-mutants of Bradyrhizobium japonicum and under different nitrogen supply was conducted. The most effective methods for further identification of quantitative and qualitative changes in soybean protein profiles were selected.