Про підходи до розробки алгоритмів ОМК для розв’язування задачі передбачення структури протеїнів

Abstract

Проводиться огляд найбільш відомих алгоритмів методу оптимізації мурашиними колоніями (ОМК), які розроблені для пошуку оптимальної структури протеїну для HP моделі Ділла. Описано відмінні риси цих алгоритмів на різних етапах схеми, що використовуються авторами робіт для врахування особливостей задачі. Наведено різні підходи до розпаралелювання процедури з використанням центральних та графічних процесорів. Наведено приклади гібридних алгоритмів, складовою частиною яких є метод ОМК.

Проводится обзор ряда наиболее известных алгоритмов метода оптимизации муравьиными колониями, что разработаны для поиска оптимальной структуры в HP модели Дилла. Описано отличные черты этих алгоритмов на различных этапах схемы, что используются авторами работ для учета особенностей задачи. Приведены различные подходы к распараллеливанию процедуры с использованием центральных и графических процессоров. Приведены примеры гибридных алгоритмов, частью которых является метод ОМК.

An overview of a number of the most popular ant colony optimization algorithms that are developed for finding the optimal conformation for HP model is presented. Specific features of these algorithms at different stages of the scheme are described and used by the authors to take into account the peculiarities of the problem. Various approaches to parallelization of the procedure for multicore CPU and GPU support are given. Examples of hybrid algorithms with ACO as a part of them are provided.