Обратимость выхода петель ДНК при «кометном» электрофорезе изолированных клеток

Abstract

Исследована кинетика выхода ДНК при кометном электрофорезе изолированных лимфоцитов человека. Электрофорез проводили при нейтральных рН в отсутствие или в присутствии различных концентраций бромистого этидия. Продемонстрированная зависимость эффективности выхода ДНК от концентрации бромистого этидия свидетельствует о том, что хвост кометы представляет собой растянутые в электрическом поле петлевые домены. При условии релаксации петель выход ДНК существенно облегчается, а при наличии в вытянутой петле определенного уровня торсионных напряжений наблюдается исчезновение «комет» после выключения электрического поля. Обсуждаются возможности использования обнаруженных эффектов для усовершенствования методики кометного электрофореза.

Досліджено кінетику виходу ДНК при кометному електрофорезі ізольованих лімфоцитів людини. Електрофорез проводили за нейтральних рН у відсутності чи присутності різних концентрацій бромистого етидію. Продемонстрована залежність ефективності виходу ДНК від концентрації останнього свідчить про те, що хвіст комети являє собою розтягнуті в електричному полі петельні домени. За умови релаксації петель вихід ДНК суттєво полегшується, а за збереження певного рівня торсійних напружень у витягнутій петлі спостерігається зникнення комет після вимкнення електричного поля. Обговорюються можливості викори- стання виявлених ефектів для вдосконалення методики кометного електрофорезу.

The kinetics of DNA exit during single cell gel electrophoresis (comet assay) of human lymphocytes has been investigated. The electrophoresis was performed at neutral pH in the absence/presence of different ethidium bromide concentrations. The dependence demonstrated of DNA exit efficiency on ethidium bromide concentration points out that the comet tail consists of DNA loop domains extended by the electric field. The loop exit is facilitated significantly by relaxed DNA torsional constraint. However, the disappearance of comets was observed after switching off the electric field at the condition of some constraint in the extended loops. Several possibilities of applications of discovered effects to improve the comet assay were discussed.