Study on the IFNL4 gene ss469415590 variant in Ukrainian population

Abstract

Aim. To determine genotype and allele disribution for the IFNL4 gene ss469415590 and examine it for linkage with the IL28B gene rs12979860 in Ukrainian population. Methods. The studied group consisted of 100 unrelated donors of Eastern European origin representing the population of Ukraine. Genotyping for the IFNL4 gene ss469415590 was performed using the amplification-refractory mutation system PCR. Genotyping for the IL28B gene rs12979860 was performed by the PCR-based restriction fragment length polymorphism assay. Results. Genotype frequencies for both studied variants showed no significant deviation from those expected according to Hardy-Weinberg equilibrium. Allelic distribution for ss469415590 was: TT – 0.665, G – 0.335. Allelic frequencies of rs12979860 were: C – 0.655, T – 0.345. The results of likelihood ratio test indicated a linkage disequilibrium between the studied variants (p > 0.0001), the major alleles ss469415590 TT and rs12979860 C were in phase. The genetic structure of Ukrainian population in terms of two studied polymorphic variants is similar to the European population presented in the «1000 genomes» project. Conclusions. Considering a tight linkage revealed in Ukrainian population between the ss469415590 variant and rs12979860, a crucial genetic marker of chronic hepatitis C treatment efficiency, this polymorphism might be a promising target for further investigation as a pharmacogenetic marker.

Мета. Встановити розподіл генотипів і алелів за варіантом ss469415590 гена IFNL4, а також дослідити його зчеплення з rs12979860 у гені IL28B в популяції України. Методи. До групи дослідження входили 100 неспоріднених донорів східно-європейського походження, які представляють популяцию України. Варіант ss469415590 гена IFNL4 генотипували методом алель-специфічної ПЛР, варіант rs12979860 гена IL28B – методом ПЛР з подальшим аналізом поліморфізму довжини рестрикційних фрагментів. Результати. Частоти генотипів за обома дослідженими варіантами відповідали очікуваними за рівновагою Харді- Вайнберга. Розподіл частот алелей для ss469415590 було наступним: TT – 0,665, G – 0,335; для rs12979860 – C – 0,655, T – 0,345. Результати тесту співвідношення правдоподібності засвідчують нерівновагу за зчепленням між дослідженими поліморфізмами (p > 0.0001), мажорні алелі ss469415590 TT та rs12979860 C перебувають у фазі. Генетична структура популяції України за двома дослідженими поліморфними варіантами подібна до європейської популяції, описаної в проекті «1000 геномів». Висновки. Беручи до уваги тісне зчеплення між варіантом ss469415590 і важливим генетичним маркером ефективності терапії хронічного гепатиту С у популяції України – rs12979860, цей поліморфізм видається перспективним для подальшого дослідження його як фармакогенетичного маркера.

Цель. Установить распределение генотипов и аллелей по варианту ss469415590 гена IFNL4, а также исследовать его сцепление с rs12979860 в гене IL28B в популяции Украины. Методы. В группу исследования входили 100 неродственных доноров восточно-европейского происхождения, представляющие популяцию Украины. Вариант ss469415590 гена IFNL4 генотипировали методом аллель-специфической ПЦР, вариант rs12979860 гена IL28B – ПЦР с последующим анализом полиморфизма длины рестрикционных фрагментов. Результаты. Частоты генотипов по обоим исследуемым вариантами отвечали ожидаемыми по равновесию Харди-Вайнберга. Распределение частот аллелей для ss469415590 было следующим: TT – 0,665, G – 0,335, для rs12979860: C – 0,655, T – 0,345. Результаты теста соотношения правдоподобия указывают на неравновесие по сцеплению между исследуемыми полиморфизмами (p > 0,0001), мажорные аллели ss469415590 TT и rs12979860 C находятся в фазе. Генетическая структура популяции Украины по двум исследованным полиморфным вариантам подобна европейской популяции, описанной в проекте «1000 геномов». Выводы. С учетом тесного сцепления между вариантом ss469415590 и важным генетическим маркером эффективности терапии хронического гепатита С в популяции Украины – rs12979860, этот полиморфизм кажется перспективным для дальнейшего исследования его в качестве фармакогенетического маркера.