Scaffold proteins ITSN1 and ITSN2 interact with nuclear RNA-binding proteins

Abstract

Aim. To identify novel ITSN1 and ITSN2 partners among RNA-binding proteins (RBPs) involved in regulation of mRNA processing. Methods. GST pull-down, immunoprecipitation assays and bioinformatics analysis was used to identify other RBPs that could interact with ITSN1 and ITSN2 proteins. Results. ITSN1 and ITSN2 SH3 domains interacted in vitro with nuclear RBPs SAM68, WBP11, and LARP6. ITSN1 and ITSN2 also co-precipitated with SAM68 and LARP6 from 293 cell lysates. Finally, the bioinformatics analysis identified more than 500 nuclear RBPs that contained several SH3 domain-interacting proline motifs and could bind ITSN1/2. Conclusions. ITSN1 and ITSN2 SH3 domains bind nuclear RBPs SAM68, LARP6, and WBP11 in vitro, form complexes with SAM68 and LARP6 in 293 cells, and potentially could interact with other nuclear RBPs containing SH3 domain-interacting motifs.

Мета. Виявити нових партнерів ITSN1 і ITSN2 з-поміж РНК-зв'язуючих білків (RBP), що беруть участь в регуляції процесингу мРНК. Методи. Взаємодії були проаналізовано з використанням GST pull-down assay та імунопреципітації, тоді як біоінформатичний аналіз було використано для ідентифікації інших RBP, які могли б взаємодіяти із білками ITSN1 та ITSN2. Результати. Було показано, що SH3 домени білків ITSN1 та ITSN2 взаємодіють з ядерними RBP SAM68, WBP11 і LARP6. Крім того, було виявлено, що ITSN1 та ITSN2 копреципітувались із SAM68 і LARP6 із лізатів клітин лінії 293. Біоінформатичний аналіз показав, що існує більше 500 ядерних RBP, які містять кілька пролінових мотивів, що можуть взаємодіяти із SH3 доменами білків ITSN1/2. Висновки. SH3 домени білків ITSN1 і ITSN2 взаємодіють із ядерними RBP SAM68, LARP6 і WBP11 in vitro, утворюють комплекси із SAM68 і LARP6 в клітинах лінії 293 і потенційно можуть взаємодіяти з іншими ядерними RBP, що містять мотиви, які зв’язуються із SH3 доменами.

Цель. Найти новых партнеров ITSN1 и ITSN2 среди РНК-связывающих белков (RBP), участвующих в регуляции процессинга мРНК. Методы. Взаимодействия были проанализированы с использованием GST pull-down assay и иммунопреципитации, тогда как биоинформатический анализ был проведен для идентификации других RBP, которые могли бы взаимодействовать с белками ITSN1 и ITSN2. Результаты. Было показано, что SH3 домены белков ITSN1 и ITSN2 взаимодействуют с ядерными RBP SAM68, WBP11 и LARP6. Кроме того, было обнаружено, что ITSN1 и ITSN2 копреципитировались с SAM68 и LARP6 из лизатов клеток линии 293. Биоинформатический анализ показал, что существует более 500 ядерных RBP, содержащие несколько пролиновых мотивов, которые могут взаимодействовать с SH3 доменами белков ITSN1/2 в ядре клетки. Выводы. SH3 домены белков ITSN1 и ITSN2 взаимодействуют с ядерными RBP SAM68, LARP6 и WBP11 in vitro, образуют комплексы с SAM68 и LARP6 в клетках линии 293 и потенциально могут взаимодействовать с другими ядерными RBP, содержащими мотивы, которые связываются с SH3 доменами.