PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma

Abstract

Aim. To investigate the expression levels of PPM1M and PRICKLE2 in clear-cell renal cell carcinomas (ccRCC) and propose a mechanism leading to the expression changes in tumor. Methods. Analysis of GEO data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR, deletion search. Results. We found that the PRICKLE2 expression was down-regulated in 83 % of samples. Decreased expression of PPM1M was shown in 33.3 % of ccRCC samples. The promoters of PPM1M and PRICKLE2 were not methylated, and no deletions were found in their sequences. Conclusions. Our data suggest that PRICKLE2 and PPM1M might be candidates for the tumor suppressor genes in ccRCC.

Мета. Дослідити рівень експресії PPM1M і PRICKLE2 у світло- клітинних карциномах нирки (ccRCC) і запропонувати механізм, що призводить до змін експресії генів у пухлинах. Методи. Аналіз баз даних GEO, кількісна ПЛР (Q-ПЛР), бісульфітне секвенування, метил-специфічна ПЛР, пошук делецій. Результати. Ми виявили, що експресія гена PPM1M знижена у 33,3 % зразків ccRCC, у той час як гена PRICKLE2 – у 83 % зразків ccRCC. Метилювання промоторної зони і делеції в генах PPM1M і PRICKLE2 не виявлено. Висновки. Наші дані вказують на те, що PRICKLE2 і PPM1M можуть бути кандидатами в гени-супресори для ccRCC.

Цель. Исследовать уровень экспрессии PPM1M и PRICKLE2 в светлоклеточных карциномах почки (ccRCC) и предложить механизм, ведущий к изменениям экспрессии генов в опухолях. Методы. Анализ баз данных GEO, количественная ПЦР (Q-ПЦР), бисульфитное секвенирование, метил-специфическая ПЦР, поиск делеций. Результаты. Мы выявили, что экспрессия гена PPM1M снижена в 33,3 % образцов ccRCC, тогда как гена PRICKLE2 – в 83 % образцов ccRCC. Метилирование промоторной зоны и делеции в генах PPM1M и PRICKLE2 не обнаружены. Выводы. Наши данные показывают, что PRICKLE2 и PPM1M могут быть кандидатами в гены-супрессоры для ccRCC.