Пакет прикладных программ для анализа аминокислотных последовательностей на персональной микро-ЭВМ «ИСКРА-226»

Abstract

Приведено описание пакета программ для обработки аминокислотных последовательностей белков и пептидов. Входящие в пакет программы дают возможность: 1) ввода и редактирования аминокислотных последовательностей; 2) распечатки выравненных аминокислотных последовательностей семейств гомологичных белков; 3) попарного сравнения гомологичных последовательностей; 4) расчета филогенетических деревьев гомологичных белковых последовательностей; 5) идентификации местоположения вариабельных и консервативных участков в аминокислотных последовательностях гомологичных белков; 6) поиска сходства двух сравниваемых белков с распечаткой точечной матрицы сравнения; 7) предсказания локализации В- и T-клеточных антигенных детерминант; 8) перенесения аминокислотных последовательностей банка белковых последовательностей PIR, хранящихся на магнитных лентах, на гибкий магнитный диск персональной ЭВМ «Искра-226» и обратно; 9) идентификации фрагментов структурного гена с помощью набора пептидов; 10) трансляции структурных генов, содержащих интроны. Пакет программ написан на алгоритмическом языке Бейсик. С целью ускорения работы отдельных наиболее трудоемких блоков программ использован автокод микро-ЭВМ. Программы реализованы в диалоговом режиме.

Наведено опис пакету програм для обробки амінокислотних послідовностей білків і пептидів. Програми, які входять до пакету, дають можливість: 1) введення і редагування амінокислотних послідовностей; 2) роздруківки вирівняних амінокислотних послідовностей родин гомологічних білків; 3) попарного порівняння гомологічних послідовностей; 4) розрахунку філогенетичних дерев гомологічних білкових послідовностей; 5) ідентифікації місця розташування варіабельних і консервативних ділянок в амінокислотних послідовностях гомологічних білків; 6) пошуку подібності двох порівнюваних білків з роздрукуванням точкової матриці порівняння; 7) передбачення локалізації В- і T-клітинних антигенних детермінант; 8) перенесення амінокислотних послідовностей банку білкових послідовностей PIR, що зберігаються на магнітних стрічках, на гнучкий магнітний диск персональної ЕОМ «Іскра-226» і назад; 9) ідентифікації фрагментів структурного гена за допомогою набору пептидів; 10) трансляції структурних генів, що містять інтрони. Пакет програм написаний на алгоритмічній мові Бейсик. Для прискорення роботи окремих найтрудомісткіших блоків програм використано автокод мікро-ЕОМ. Програми реалізовані в діалоговому режимі.

Presented software package allows: 1) input and edition of amino acid sequences; 2) listing of aligned amino acid sequences of homologous protein; 3) pairwise comparison of homologous sequences; 4) calculation of phylogenetic trees of homologous protein sequences; 5) identification of variable and constant regions of amino acid sequences; 6) search for similarity between two amino acid sequences and list out comparison dot matrix; 7) prediction of B- and T-cell antigenic determinants; 8) trans forming Protein Identification Resource (PIR) from magnetic tape media to «Iskra-226» floppy disk media and vice versa; 9) identification of structure gene fragments using a set of peptides;. 10) translation of structure genes containing introns. Programs are written in BASIC for a personal computer «Iskra-226» (USSR). To accelerate some operations, computer code commands are used. Software package is realized in interactive mode and intended for specialists on peptide and protein chemistry.