Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee»

Abstract

Предложен метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях, основанный на построении частотного профиля группы выравненных фрагментов последовательностей. На примере сканирования банка аминокислотных последовательностей мотивом, характерным для широкого класса NTР-связывающих белков, рассмотрена работа программы «SITE», написанной на основе предложенного алгоритма. Продемонстрированы преимущества предложенного подхода по сравнению со стандартными программами поиска паттернов в отношении полноты и избирательности извлечения из банка последовательностей, содержащих участки, сходные с рассматриваемым мотивом. Представлена предположительная идентификация NTP-связывающих центров в нескольких белках, где они ранее не были обнаружены. Обсуждается применение разработанного алгоритма для классификации банков аминокислотных последовательностей.

Запропоновано метод пошуку структурних мотивів у амінокислотних послідовностях, заснований на побудові частотного профілю групи вирівняних фрагментів послідовностей. На прикладі сканування банку амінокислотних послідовностей мотивом, характерним для широкого класу NTР-зв’язувальних білків, розглянуто роботу програми «SITE», написаної на основі запропонованого алгоритму. Продемонстровано переваги запропонованого підходу порівняно зі стандартними програмами пошуку патернів щодо повноти і вибірковості вилучення з банку послідовностей, які містять ділянки, подібні до розглянутого мотиву. Представлено прогнозовану ідентифікацію NTP-зв’язувальних центрів у декількох білках, де вони раніше не були виявлені. Обговорюється застосування розробленого алгоритму для класифікації банків амінокислотних послідовностей.

A method is suggested to search for the structure motifs in amino acid sequences, based on their scanning by frequency profiles generated from aligned sequence segments. The program «SITE» implementing the proposed algorithm is discussed, exemplified by the search of an amino acid sequence database for the motif typical of a vast class of purine NTP-binding proteins. The superiorities of the proposed approach as compared to standard pattern-searching routines is demonstrated with respect to selectivity and completeness of extraction of relevant sequences.