Влияние нуклеотидных замен на профили денатурации ДНК

Abstract

Получены профили плавления рестрикционных фрагментов ДНК размером – 1150 пар нуклеотидов (п. н.), отличающихся друг от друга делениями 1, 5 и 6 п. н. Показано, что во всех случаях делеции приводят к сдвигу одного пика на профиле плавления без изменения положения остальных трех пиков. Эффект составляет 0,28±0,03 °С при делеции участка из четырех AT- и одной GC-пары и –0,14 ± 0,03 °С при делеции одной GC-пары. Проведено также исследование плавления фрагментов ДНК методом гель-злектрофореза в градиенте концентрации денатурирующих агентов. Показано, что делеция одной GC-пары приводит к заметному сдвигу электрофоретической кривой денатурации.

Отримано профілі плавлення рестрикційних фрагментів ДНК розміром – 1150 пар нуклеотидів (п. н.), що відрізняються один від одного поділами 1, 5 і 6 п. н. Показано, що у всіх випадках делеції призводять до зсуву одного піка на профілі плавлення без зміни положення інших трьох піків. Ефект становить 0,28±0,03 °С при делеції ділянки з чотирьох AT-і однієї GC-пари і –0,14±0,03 °С – при делеції однієї GC-пари. Проведено також дослідження плавлення фрагментів ДНК методом гель-електрофорезу в градієнті концентрації денатуруючих агентів. Показано, що делеція однієї GC-пари призводить до помітного зсуву електрофоретичної кривої денатурації.

Melting profiles of DNA fragments of ~1150 b. p. long containing deletions of one, five and six nucleotides have been obtained. It was shown that all these deletions changed the position only of one peak on the DNAs melting profiles. The value of the shift was 0.28±0.3 °C in the case of deletion of one GC and four AT base pairs and it was 0.14+0.03 °C in the case of deletion of one GC-base pair. Denaturing gradient gel electrophoresis was also used for investigation of these DNA fragments melting. The deletion of one GC-base pair was demonstrated to cause a substational shift of the DNA denaluration profile.