Возможная роль индивидуальных ДНК-белковых контактов сайт-специфической рекомбиназы Flp из Saccharomyces cerevisiae с азотистыми основаниями Flp-связывающего элемента ДНК

Abstract

Сайт-специфическая рекомбиназа Flp, кодируемая 2-мкм плазмидой из S. cerevisiae, имеет множественные точечные контакты с основаниями Flp-связывающего элемента ДНК. В настоящей работе проведен анализ относительного вклада контактов в прочность связывания белка Flp с ДНК и особенностей их распределения в большом и малом желобке ДНК. Контакты белка Flp с Flp-связывающим элементом ДНК были подразделены на три группы в зависимости от их вклада в прочность связывания белка с ДНК. Предполагается, что белок Flp использует контакты третьей группы, которая вносит наименьший вклад в прочность связывания, наряду с контактами в малом желобке ДНК для первичной дискриминации между различными последовательностями ДНК Показано, что белок Flp имеет контакты с Flp-связывающим элементом ДНК в малом желобке с противоположных сторон двойной спирали ДНК, и, вероятно, белок Flp оплетает ДНК.

Сайт-специфічна рекомбіназа Flp, яка кодується 2-мкм плазмідою із S. cerevisiae, має множинні контакти з основами Flp-зв'язуюного елемента ДНК. В роботі здійснено аналіз відносного внеску контактів у міцність зв'язування білка Flp з ДНК та особливостей їх розподілу у великому та малому жолобках ДНК Контакти білка Flp з Flp-зв'язуючим елементом ДНК було підрозділено на три группи в залежності від їх внеску в міцність зв'язування білка з ДНК Припускається, що білок Flp використовує контакти третьої группи (котрі вносять найменший внесок у міцність зв'язування) поряд з контактами в малому жолобку ДНК для первинної дискримінації між різ­ ними послідовностями ДНК. Показано, що білок Flp має контакти з Flp-зв'язуючим элементом ДНК в малому жолобку з протилежних сторін подвійної спіралі ДНК і цілком імовірно, що білок Flp обплітає ДНК.

Site-specific recombinase Flp encoded by 2 micron plasmidfrom S. cerevisiae has multiple contacts with nucleic bases of Ftp-binding element of DNA. We present an analysis of relative contribution of these contacts to strength of Ftp-protein binding to DNA, and of the peculiarities of their distribution at major and minor grooves of DNA. The contacts of Flp-protein with Ftp-binding element of DNA have been divided into three groups depending on their contribution in strength of Flp-protein binding to DNA. It has been suggested that Flp-protein uses the third group of contacts (they make the least contribution to strength of Flp-protein binding to DNA) along with minor groove contacts for initial discrimination between different DNA sequences. It has been shown that Flp-protein has contacts with nucleic bases in minor groove at opposite sides of DNA, so Flp-protein probably wraps DNA.