Комп’ютерні грід-технології та їх застосування в молекулярній біології (за матеріалами наукової доповіді на засіданні Президії НАН України 12 вересня 2018 р.)

Abstract

У доповіді наведено огляд розвитку комп’ютерних грід-технологій та їх застосування в молекулярній біології. У рамках Українського національного гріду створено віртуальну лабораторію MolDynGrid для вирішення завдань у галузях структурної біології та біоінформатики, зокрема моделювання молекулярної динаміки білків. Віртуальна організація VO:moldyngrid інтегрована в EGI і є частиною її інфраструктури. На прикладі досліджень мутантних форм аміноацил-тРНК синтетаз, пов’язаних з нейродегенеративними захворюваннями, показано ефективність грід-технологій для моделювання динаміки білків. Коротко описано інші віртуальні організації біологічного та медичного профілю у складі Українського національного гріду. Обговорено перспективи грід-технологій для розвитку нанобіотехнологій та створення нових біомедичних препаратів в Україні.

The article presents an overview of the development of computational grid technologies and their application in molecular biology. Within the framework of the Ukrainian National Grid, a virtual MolDynGrid laboratory has been set up to solve problems in the fields of structural biology and bioinformatics, in particular modeling of proteins molecular dynamics. Virtual organization VO:moldyngrid is integrated into EGI and is a part of its infrastructure. An example of the study of mutant forms of aminoacyl-tRNA synthetase associated with neurodegenerative diseases has shown the effectiveness of grid technologies for modeling the dynamics of proteins. Other virtual organizations of the biological and medical profile of the Ukrainian National Grid are briefly described. The prospects of grid technologies for the development of nanobiotechnologies and the creation of new biomedical drugs in Ukraine are considered.