Identification of new DNA markers of endometrial cancer in patients from the Ukrainian population

Abstract

Aim: To identify clinically significant molecular markers of endometrial cancer. Materials and Methods: Cancer and normal endometrial tissue samples from 20 patients of the Gynecology Clinic of Odessa State Medical University (Odessa, Ukraine) with confirmed endometrial cancer were compared for SSR and ISSR polymorphisms. Identified polymorphic fragments from anonymous genome regions situated between microsatellite repeats underwent direct DNA sequencing; analysis of their homology to sequences from human genome database has been performed. Results: No significant variability for the microsatellite loci adjacent to the E2F1, BAX, TCF7L2, C-MYC, WNT1, FES, DCC, P27, THRA, APC, CYP19 and P53 genes was detected. Search for new molecular markers of endometrial cancer within anonymous DNA sequences located between microsatellite repeats revealed 100 bp and 174 bp polymorphic fragments. These fragments were detected correspondingly in 60% and 35% of patients. 100 bp fragment appeared to be homologous to a region within the NFKB gene, 174 bp fragment – to a sequence within the DDR1 gene. Conclusions: NFKB1 and DDR1 genes may be regarded as potential markers for some types of endometrial cancer. This is a first report about possible association of these genes with endometrial cancer.

Цель: идентификация клинически значимых маркеров рака эндометрия. Материалы и Методы: проведен анализ SSR- и ISSR-полиморфизма в образцах опухолей и непораженной ткани эндометрия двадцати пациентов, получавших лечение в клинике гинекологии Одесского государственного медицинского университета (Одесса, Украина). Выполнено секвенирование выявленных полиморфных фрагментов ДНК, локализованных в анонимных участках генома между микросателлитными повторами (ISSR-полиморфизм), осуществлен анализ их гомологии с известными участками ДНК из базы данных генома человека. Результаты: не установлено значительной вариабельности микросателлитных повторов, соседствующих с генами E2F1, BAX, TCF7L2, C-MYC, WNT1, FES, DCC, P27, THRA, APC, CYP19 и P53. В процессе поиска новых маркеров рака эндометрия среди анонимных последовательностей ДНК, локализующихся между микросателлитными повторами, выявлены полиморфные фрагменты длиной 100 и 174 пн. Эти фрагменты присутствовали соответственно у 60 и 35% пациентов . Фрагмент длиной 100 пн оказался гомологичным участку гена NFKB1, а фрагмент длиной 174 пн – участку гена DDR1. Выводы: гены NFKB1 и DDR1 могут рассматриваться в качестве потенциальных маркеров некоторых типов рака эндометрия. Это первое сообщение о возможной ассоциации данных генов с опухолями эндометрия.