Моделювання динаміки тирозил-тРНК синтетази Mycobacterium tuberculosis у комплексі з інгібітором SB-219383 з використанням QM/MM підходу

Abstract

Тирозил-тРНК синтетаза Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS) – один iз ключових ферментiв синтезу бiлка на дорибосомному етапi, тому його iнгiбування є перспективним шляхом розробки нових антибiотикiв. Ефективним та одним iз найбiльш дослiджених iнгiбiторiв TyrRS бактерiй є сполука SB-219383. Авторами дослiджено природу взаємодiй мiж SB-219383 та MtTyrRS iз застосуванням гiбридного пiдходу молекулярної динамiки QM/MM. Особливу увагу придiлено iдентифiкацiї водневих зв’язкiв i дослiдженню їхнiх структурних та фiзико-хiмiчних параметрiв.

Тирозил-тРНК синтетаза Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS) – один из ключевых ферментов синтеза белка на дорибосомном этапе, поэтому его ингибирование является перспективным путем разработки новых антибиотиков. Эффективным и одним из самых исследованных ингибиторов TyrRS бактерий является соединение SB-219383. Авторами исследована природа взаимодействий между SB-219383 и MtTyrRS с использованием гибридного подхода молекулярной динамики QM/MM. Особое внимание уделено идентификации водородных связей и исследованию их структурных и физико-химических параметров.

Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase (MtTyrRS) is one of the key enzymes at the pre-ribosomal step of protein synthesis. Therefore, its inhibition is a promising way for the development of new antibiotics. Effective and one of the most studied bacterial TyrRS inhibitors is SB-219383 compound. We have studied the nature of the interactions between SB-219383 and MtTyrRS using the hybrid approach of QM/MM simulations. In particular, a special attention has been paid to the identification of hydrogen bonds and their structural and physico-chemical parameters.