Упрощенное представление пространственной структуры белка в виде карты контактов

Abstract

Рассмотрено упрощенное представление пространственной структуры белка в виде карты контактов. Изучены преимущества использования карт контактов для предсказания пространственных структур белков и для их классификации. Проведен обзор и сравнительный анализ существующих методов предсказания карты контактов по известной аминокислотной последовательности белка и методов предсказания пространственной структуры белка по известной карте контактов последнего.

Розглянуто спрощене представлення просторової структури білка у вигляді карти контактів. Вивчені переваги використання карт контактів для передбачення просторових структур білків та для їх класифікацїї. Проведено огляд і порівняльний аналіз існуючих методів передбачення карти контактів за відомою амінокислотною послідовністю білка та методів передбачення просторової структури білка за відомою картою контактів останнього.

Contact map is considered which is the simplified representation of three-dimentional protein structure. The advantages of using contact maps for three-dimentional protein structure prediction and for protein classification are studied. The review and comparative analysis are made of existing methods for protein contact map prediction when the amino-acidic sequence is known and of methods for three-dimentional protein structure prediction when the protein contact map is known.