Пошук низькомолекулярних лігандів для SH2-доменів методом докінгу міжмолекулярних взаємодій

Abstract

Бiологiчнi процеси в живих системах вiдбуваються за участi великої кiлькостi рiзноманiтних бiлкових молекул, якi функцiонують завдяки взаємодiї одна з одною у складi стабiльних або динамiчних бiлкових комплексiв. Знання просторової структури комплексiв клiтинних бiлкiв та мембранних рецепторiв з лiгандами є важливим кроком на шляху до розумiння механiзмiв їх функцiонування. У даному повiдомленнi запропоновано алгоритм дослiдження SH2-доменiв на прикладi бiлка STAT3 методом докiнгу мiжмолекулярних взаємодiй, який дозволяє передбачити конформацiю лiганду всерединi активного центру. Це, зокрема, вiдкриває шлях до рацiонального пошуку i дизайну нових лiкарських препаратiв, що володiють протипухлинною активнiстю.

Биологические процессы в живых системах происходят с участием большого количества различных белковых молекул, которые функционируют благодаря взаимодействию друг с другом в составе стабильных или динамических белковых комплексов. Знание пространственной структуры комплексов клеточных белков и мембранных рецепторов с лигандами является важным шагом на пути к пониманию механизмов их функционирования. В данном сообщении предложен алгоритм исследования SH2-доменов на примере белка STAT3 методом докинга межмолекулярных взаимодействий, который позволяет предсказать конформацию лиганда внутри активного центра. Это, в частности, открывает путь к рациональному поиску и дизайну новых лекарственных препаратов, обладающих противоопухолевой активностью.

Biological processes occurring in living systems involve a large number of different protein molecules that function through the interaction with one another in the composition of stable and dynamic protein complexes. Knowledge of the spatial structure of cellular protein systems and membrane receptors with ligands is an important step toward understanding the mechanisms of their func- tioning. We propose an algorithm for studying the SH2-domains, for instance, STAT3 protein by the docking method of intermolecular interactions, which allows one to predict the conformation of a ligand within the active site. In particular, it opens a way to the rational search for and the design of new pharmaceutical drugs that have an antitumor activity.