Молекулярная модель взаимодействия 2'-5' олигоаденилатов с протеинкиназой С

Abstract

Методом комп’ютерного моделювання побудована модель просторової структури протеїнкiнази С (ПКС) у вiльному станi. З метою вивчення можливостi зв’язування з ПКС проведено in silico докiнг ряду лiгандiв з бiлком з використанням програми AutoDock 3.0. Показано, що 2′-5′олiгоаденiлати зв’язуються в активному центрi та утворюють зв’язки з бiлком. Порiвняльний аналiз зв’язування, у тому числi мономерiв — аденозину, епоксiаденозину, виявив, що олiгоаденiлати можуть взаємодiяти з обома цими центрами.

A model of the spatial structure of protein kinase C is built by the computational modeling method. With the aim to explore the possibility of the interaction of 2′-5′ oligoadenylates with protein kinase C in silico, a molecular docking of several ligands with protein kinase has been performed using the AutoDock 3.0 program. It is shown that 2′-5′ oligoadenylates bind to the active center of protein kinase C and interact with some groups of the protein. The comparative analysis of the binding of oligoadenylates with monomers of adenosine and epoxyadenosine has revealed that oligoadenylates can overlap both binding centers.