Поліпуринові/поліпіримідинові послідовності з потенціалом утворення триплексів у провірусній ДНК ретровірусів великої рогатої худоби

Abstract

Визначено досконалі міжланцюгові триплекси, які потенційно можуть виникати у провірусній ДНК широко розповсюджених ретровірусів великої рогатої худоби (ВРХ) – вірусу лейкозу (ВЛ) та вірусу імунодефіциту (ВІ). У геномі ВЛ ВРХ та ВІ ВРХ знайдено 5 та 10 фрагментів відповідно, які за кислих значень рН можуть утворювати потрійні спіралі. Один з цих фрагментів (локалізований у гені gag ВЛ ВРХ) може існувати і як частина хрестоподібної структури. Експериментально існування триплексів підтверджено за допомогою атомно-силової мікроскопії шляхом візуалізації суперспіральної ДНК pGEMEX, у геномі якої знайдено шість дзеркально-симетричних фрагментів, необхідних для утворення внутрішньомолекулярних триплексів. Створено карти локалізації триплексів (які є одним з ланцюгів сигнальних механізмів функціонування геному) на геномі ретровірусів ВРХ.

Определены совершенные межцепочечные триплексы, которые потенциально могут возникать в провирусной ДНК широко распространенных ретровирусов крупного рогатого скота (КРС) – вируса лейкоза (ВЛ) и вируса иммунодефицита (ВИ). В геноме ВЛ КРС и ВИ КРС найдено 5 и 10 фрагментов соответственно, которые при кислых значениях рН могут образовывать тройные спирали. Один из этих фрагментов (локализованный в гене gag ВЛ КРС), может существовать и как часть крестообразной структуры. Экспериментально существование триплексов подтверждено с помощью атомно-силовой микроскопии посредством визуализации суперспиральной ДНК pGEMEX, в геноме которой найдено шесть зеркально-симметричных фрагментов, необходимых для образования внутримолекулярных триплексов. Созданы карты локализации триплексов (которые являются одной из цепей сигнальных механизмов функционирования генома) на геноме ретровирусов КРС.

Perfect interstranded triplexes that can potentially arise in the proviral DNA of wide-spread bovine retroviruses like as bovine leukemia virus (BLV) and bovine immunodeficiency virus (BIV) have been determined. In the BLV and BIV genomes 2 and 5 fragments respectively were found to form triple helixes under acidic conditions. One of those fragments that is localized on the BLV gag gene can exist as cruciform structure too. Experimentally the existence of triplexes is confirmed by atomic force microscopic visualization of supercoiled pGEMEX DNA for which genome 6 fragments are found with mirror symmetry that is necessary for intramolecular triplex formation. The diagrams of triplexes (one of the elements of signaling genome function) localization on the genome of bovine retroviruses are obtained.