Механизмы выхода ДНК при нейтральном и щелочном кометном электрофорезе

Abstract

Представлены результаты по сравнительной кинетике выхода ДНК в хвост кометы при электрофорезе изолированных клеток в нейтральных и щелочных условиях. Показано, что предварительная инкубация препаратов в щелочи делает невозможным выход ДНК в нейтральных условиях электрофореза и, наоборот, эффективно способствует ему в щелочных. Сделан вывод о том, что действие щелочи приводит к нарушению связи петельных доменов ДНК с белками матрикса. Обсуждается возможная природа такой связи. Полученные результаты позволяют заключить, что механизмы выхода ДНК при нейтральном и щелочном кометном электрофорезе существенно различны. При нейтральном электрофорезе из клетки выходят релаксированные петли, при щелочном – одноцепочечные линейные фрагменты, которые силой электрического поля вытягиваются из уже не связанного с матриксом клубка.

The results are presented on comparison of the kinetics of DNA exit during neutral and alkaline variants of single cell gel electrophoresis. It has been shown that pre-incubation of samples in alkaline buffer makes impossible DNA exit during the neutral electrophoresis, in contrast to the alkaline conditions where DNA exit is very efficient. The conclusion has been made that the alkaline conditions induce a disruption of DNA matrix interactions. The hypothetical nature of these interactions is discussed. The results obtained suggest that the mechanisms of DNA exit in the course of neutral and alkaline electrophoresis are essentially different. In the case of the neutral electrophoresis the comet tails are formed by the relaxed loop domains while during the alkaline electrophoresis they are formed by single stranded DNA fragments, which are pulled out by one and from the coil that is not bound to the matrix.