Анализ сайтов встраивания Т-ДНК инсерций у трансгенных растений табака

Abstract

Проведено клонирование прилежащих к трансгену областей геномной ДНК, выделенной из 17 трансгенных растений табака методом «инвертированной» ПЦР. В результате анализа первичных последовательностей 34 клонированных фрагментов ДНК установлено, что 10 из них имели 100%-ную гомологию с векторными последовательностями, не входящими в Т-ДНК область. Девять полученных нуклеотидных последовательностей имели гомологию с повторяющимися последовательностями в геноме табака. Процент гомологии варьировал от 70 до 90 %, причем идентифицированные повторы принадлежали к разным типам. Для большей части проанализированных фрагментов не выявлено гомологий с последовательностями, депонированными в базах данных. Выравнивание усеченных в процессе встраивания последовательностей левой и правой границ Т-ДНК инсерций выявило значительную кластеризацию (в районе десяти нуклеотидов) сайтов усечения для левой границы. Необходимо отметить, что пять последовательностей имели идентичные сайты усечения +23Т, что свидетельствовало о предпочтительном использовании этого нуклеотида. АТ-содержание варьировало от 51 до 72 %, что было близко к суммарному проценту АТ пар в геноме табака.

Проведено клонування прилеглих до трансгена регіонів геномної ДНК, виділеної з 17 трансгенних рослин тютюну методом «інвертованої» ПЛР. У результаті аналізу первинних послідовностей 34 клонованих фрагментів ДНК встановлено, що 10 з них мали 100%-ну гомологію з векторними послідовностями, які не входять у Т-ДНК область. Дев'ять отриманих нуклеотидних послідовностей мали гомологію з повторювальними послідовностями в геномі тютюну. Відсоток гомології варіював від 70 до 90 %, причому ідентифіковані повтори належали до різних типів. Для більшої частини проаналізованих фрагментів не виявлено гомологій з послідовностями, депонованими в базах даних. Вирівнювання усічених у процесі вбудовування послідовностей лівої та правої границь Т-ДНК інсерцій виявило значну кластеризацію (у районі десяти нуклеотидів) сайтів усікання для лівої границі. Необхідно зазначити, що п'ять послідовностей мали ідентичні сайти усікання +23Т, що свідчило про переважне використання цього нуклеотиду. АТ-вміст варіював від 51 до 72 %, що було близько до сумарного відсотку АТ пар в геномі тютюну.

From the total DNA of 17 transgenic tobacco plants the DNA fragments containing T-DNA/plant DNA junctions were amplified using inverse polymerase chain reaction. Comparison of the nucleotide sequences of 34 fragments with the GENEBANK sequences revealed homology with vector sequences outside T-DNA in 10 cases and no homology with the known nucleotide sequences in most clones. The AT-content varied from 51 up to 72 % that is close to the total percentage of АТ pairs in tobacco genome. Alignment of the sequences truncated during embedding of the left and the right borders has shown that for the left border significant clusterization (10 bp region) of truncation sites was observed, and five sequences had identical sites of truncation (+23 Т) that showed the preferable use of this nucleotide. Nine created nucleotide sequences were homologous to the repeating sequences in tobacco genome. The percentage of homology varied from 70 up to 90 %. The identified repeats belong to different types.