Гомологічне моделювання третинної структури білків

Abstract

Гомологіче моделювання базується на знаходженні білків, первинна структура яких схожа на структуру студійованого білка, і на створенні процедури групування. Остання може бути глобальною і локальною. Перша – це процедура глобальної оптимізації, яка намагається згрупувати кожну амінокислоту з кожною. Локальні групування виявляють схожі регіони всередині довгих послідовностей. Для розв’язання проблеми групування, використовуються точні методи, такі як динамічне програмування, та швидкі евристичні алгоритми або ймовірнісні методи.

Гомологическое моделирование базируется на нахождении белков, первичная структура которых похожа на структуру изучаемого белка, и на создании процедуры группирования. Последняя может быть глобальной и локальной. Первая – это процедура глобальной оптимизации, стремящаяся сгруппировать каждую аминокислоту с каждой. Локальные группирования выявляют похожие регионы внутри длинных последовательностей. Для решения задачи группирования используются точные методы, такие как динамическое программирование и быстрые эвристические алгоритмы или вероятностные методы.

Homology modeling relies on the identification of protein structures likely to resemble the structure of the query sequence, and on the production of an alignment. Alignment can be global or local. Global alignment is a procedure of global optimization and attempts to align every residue in every sequence. Local alignments reveal similar subsequences inside long amino acid sequences. Precise methods are used to make alignments; among them are slow dynamic programming and efficient heuristic algorithms or probabilistic methods.