Вторичная структура основного поли(А)-сигнала про-мРНК вируса иммунодефицита человека

Abstract

Вперше описано модель основного сигналу поліаденілування про-мРНК ВІЛ-1. Показано, що ''нижній'' елемент (DSE) полі(А)-сигналу розташований у апікальній петлі шпильки завдовжки 26 нт, яку названо шпилькою DSE. Адекватність моделі підтверджено передбаченням вторинної структури області, яка включає шпильки TAR, polyA та DSE, для 414 ізолятів ВІЛ-1 різних субтипів та рекомбінантних форм. Вперше наведено також моделі вторинної структури 3'-кінця 3'-нетрансльованої ділянки про-мРНК ВІЛ-1 для ізолятів різних субтипів. Висловлено припущення, що U5(U)-шпилька домену PBS поряд з участю у зворотній транскрипції геномної РНК ВІЛ-1 може також брати участь у процесі поліаденілування про-мРНК, забезпечуючи доступність DSE для білкового апарату поліаденілування під час транскрипції провірусної ДНК.

A model of core polyadenylation signal of HIV-1 pre-mRNA has been first presented. Downstream sequence element (DSE) of poly(A) signal has been shown to be located in the apical loop of 26 nt hairpin which we named DSE hairpin. The proposed model is supported by the secondary structure prediction of a genomic RNA region encompassing TAR, polyA and DSE hairpins for 414 HIV-1 isolates of different subtypes and recombinant forms. Models of the secondary structure of 3' end of HIV-1 pre-mRNA 3' untranslated region for isolates of different subtypes have been also first presented. U5(U) hairpin of PBS domain has been supposed to take part in the polyadenylation process alongside with participation in reverse transcription. This hairpin provides the DSE exposure to the protein polyadenylation machinery during the proviral DNA transcription.