Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа

Abstract

У роботі проведено первинний аналіз потенційних генів відповіді на дію ІФНα, які було виявлено у процесі пошуку їх в геномі щура за допомогою розробленої в нашій лабораторії програми COTR ASIF. З цією метою застосовано веб-інструменти FatiGO і GOTM, з використанням системи IHOP проведено пошук у літературі, гени класифіковані за концептуальною схемою «Онтології генів» (ОГ, англ. «Gene Ontology») та ранжировані за першочерговістю їх для експериментальної перевірки. Базуючись на результатах проведеного аналізу, серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНα виокремили групу із 61 гена, для яких існують експериментальні підтвердження відповіді їх на дію ІФНα; для інших генів з нашого переліку (101) таких підтверджень не знайдено, тобто вони «невідомі» як такі, що регульовані інтерфероном. На основі функціонального аналізу «невідомих» генів за схемою «Онтології генів» виявлено, що ця група є збагаченою на гени функціональної категорії «компонент синапсу». Ця категорія представлена трьома генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein, NMDAR–L, GABAA – receptor subunit alpha-2. Серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНα виявлено збагачену категорію «імунна відповідь», що містить ген Mbl1, який також належить до групи «невідомих». Ці гени обрано першими на черзі для подальшої експериментальної перевірки регуляції їх інтерфероном.

В работе проведен первичный анализ потенциальных генов ответа на действие ИФНα, которые были найдены в процессе их поиска в геноме крысы с помощью разработанной в нашей лаборатории программы COTRASIF. С этой целью были применены веб-инструменты FatiGO и GOTM, проведен поиск в литературе с использованием системы IHOP, гены классифицированы согласно концептуальной схеме «Онтологии генов» (ОГ) и ранжированы по их первоочередности для экспериментальной проверки. Основываясь на результатах проведенного анализа, среди 162 генов предполагаемого первичного ответа на действие ИФНα выделили группу генов (61 ген), для которых существуют экспериментальные подтверждения их ответа на действие ИФНα, а для оставшихся генов нашего списка (101) таких подтверждений не найдено (группа «неизвестных» генов). На основе функционального анализа ранее «неизвестных» генов по схеме ОГ обнаружено, что данная группа является обогащенной на гены функциональной категории «компонент синапса». Эта категория представлена тремя генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein, NMDAR–L и GABAA – receptor subunit alpha-2. Среди общей группы генов (162) обнаружено обогащенную категорию «иммунный ответ», содержащую ген Mbl1, который также входит в число «неизвестных» генов. Перечисленные гены выбраны в качестве первых кандидатов для экспериментальной проверки их регуляции интерфероном.

The paper is focused on the primary analysis of the potential genes of primary response to IFNα, predicted by the program COTRASIF elaborated in our laboratory. Two web-instruments FatiGO and GOTM were applied for this purpose; the literature search was carried out using IHOP; genes were classified according to the conceptual diagram «Gene Ontology» (GO) and were ranked according to their first priority for the experimental validation. On the basis of conducted analysis 162 genes of potential primary response to ІFNα were subdivided into two groups – 61 genes, for which the experimental data of their responsibility to IFNα were found and 101 genes for which such data are absent. We have performed the functional analysis of the «unknown» genes according to GO. The enriched category «Synapse part» encountering three genes of Rattus norvegicus: PRKCA-binding of protein, NMDAR-L and GABAA – receptor subunit alpha-2 were revealed. Among 162 genes the enriched enriched category «Immune response» was detected with Mbl1 gene, which is reckoned among «unknown» genes. The four designated genes are chosen as the candidates for the prior validation.