Філогенетичний аналіз українських ізолятів ВІЛ-1

Abstract

Проведено визначення нуклеотидної послiдовностi гена pol ВIЛ-1 для 64 зразкiв плазми кровi ВIЛ-iнфiкованих осiб у регiонах з високим рiвнем поширеностi ВIЛ-iнфекцiї в Українi. Показано, що субтип В поступово витiсняється не-В субтипами ВIЛ-1. Хоч субтипова структура ВIЛ-1 в Українi змiнилася в порiвняннi з iзолятами 2000 р., але в межах одного субтипу iзоляти залишаються досить спорiдненими. Найближчими до українських iзолятiв субтипу А виявились штами ВIЛ-1 з Казахстану, Чехiї, Естонiї, Росiї, що мають тiснi iсторичнi зв’язки з Україною. Аналiз нуклеотидної послiдовностi зразкiв субтипу В, що виявились найбiльш спорiдненими до iзолятiв iз США та країн Захiдної Європи, дозволяє припустити, що субтип В був занесений в Україну саме з цих країн i ми фiксуємо залишковий факт попередньої циркуляцiї його в Українi.

The nucleotide sequence determination of pol gene was performed for 64 blood plasma samples from HIV infected persons in the high-level spreading of HIV infection regions in Ukraine. It was shown that subtype B of HIV is replaced step-by-step with non-B one. Though the subtype structure of HIV-1 has changed in comparison to the isolates of 2000 in Ukraine but, within one subtype, isolates remain affined enough. Suspected, there is one stable enough group of isolates circulating within Ukraine that have similar molecular characteristics. The most similar to Ukrainian subtype A isolates of HIV-1 are the ones from Kazakhstan, Czech Republic, Estonia, Russia which have close historical linkage with Ukraine. Analysis of subtype B isolates which is revealed to be the most close to the ones from USA and West Europe has shown that subtype B was transferred to Ukraine exactly from these countries, and we now just fix some residual effects of its previous circulation.