Аналіз розподілу мобільних генетичних елементів у гені ТР53 людини та його 5-фланкованій ділянці

Abstract

Проведено комп'ютерний аналіз розповсюдження мобільних генетичних елементів (МГЕ) в гені ТР53 людини та його 5'-фланкованій ділянці. Не виявлено суттєвої різниці для SINE- і LINE-елементів, однак з'ясовано, що LINE J-елементи присутні винятково в межах гена, тоді як LINE2 — переважно у 5'-фланкованій ділянці. Серед МГЕ найчастіше зустрічаються Alu-повтори. Зовсім не знайдено LTR-елементів, а ДНК-транспозони у незначній кількості представлені лише в гені. Як у межах гена, так і його 5'-фланкованій ділянці МГЕ переважно формують кластерні мозаїчні структури, до складу яких входять елементи різних родин та підродин.

Computational analysis of distribution of mobile genetic elements within the human TP53 gene and its 5’-flanking region has been performed. There was no difference revealed for SINE and LINE repeats, but it has been shown that the LINE elements are preferentially present within the TP53 gene and the LINE2 elements are preferentially distributed within 5’-flanking region of the TP53 gene. Alu repeats have been found to be the most common repeats within the TP53 gene and its 5’-flanking region. LTR repeats have been absent at all and DNA transposons have been determined only within the TP53 gene. It has been revealed that mobile genetic elements within TP53 gene and its 5’-flanking region preferentially form clusters, which contain mobile genetic elements from different repeat families and subfamilies

Проведен компьютерный анализ распространения мобильных генетических элементов (МГЭ) в гене ТР53 человека и его 5'-фланкирующем участке. Не выявлено существенной разни­цы для SINE- и LINE-элементов, однако показано, что LINE1-элементы присутствуют исключительно в гене, тогда как LINE2 — преимущественно в 5'-фланкирующем участке. Среди МГЭ чаще всего встречаются Alu-повторы Совсем не обнаружено LTR-элементов, а ДНК-транспозоны в незначи­тельном количестве представлены лишь в гене. Как в гене, так и его 5' -фланкирующем участке МГЭ преимущественно формируют кластерные мозаичные структуры, в состав ко­торых входят элементы разных семейств и подсемейств.