Полимеразная цепная реакция с произвольными праймерами

Abstract

Полимеразная цепная реакция с произвольными праймерами имеет ряд теоретических и методических особенностей. Для учета некоторых из них предложена математическая модель и описана динамика образования продукта реакции. Приведена формула для вычисления температуры плавления олигонуклеотидных прайме ров, которая необходима при расчете оптимальной температуры отжига. На базе идеализированной модели ге­номной ДНК разработаны алгоритм и компьютерная программа поиска произвольных праймеров. Учтена статистическая закономерность определенных сочетаний нуклеотидов в праймере, указывающая на его специфичность при выявлении генетического полиморфизма. Показана возможность целенаправленного моделирования нуклеотидной последовательности праймеров.

Полімеразна ланцюгова реакція з довільними праймерами має ряд теоретичних та ме­тодичних особливостей. Для враховування деяких з них було запропоновано її ма­тематичну модель і показано динаміку утворення продукта реакції та інших молекул, які беруть участь у цьому процесі. Наведено формулу для обчислення температури ялавління олігонуклеотидних праймерів, що необхідно при розрахунку оптимальної температури реасоціації. На базі ідеалізованої моделі геномної ДНК було розроблено алгоритм та комп'ютерну програму пошуку довільних праймерів. Враховано стати­стичну закономірність певних'поєднань нуклеотидів у праимері, що свідчить про його специфічність при виявленні генетичного поліморфізму. Показано можливість цілеспря­мованого моделювання праймерів.

Polymerase chain reaction with arbitrary oligonucleotide primers has some theoretical and methodics peculiarities. For resolution of some from them was proposed the mathematical model of PCR reaction and dynamics of formation of the reaction product and other molecules taking part in this process. The formula for calculation temperature of oligonucleotide primers melting was proposed to calculate of the optimal temperature of annealing. The idealize model of the genome DNA and computer program of screening of all arbitrary were created. The statistical regularity of appointed combinations of nucleotides in primers showed;- it is specific for reveal of the polymorphism. Hence in follows possibility of direct designing primers was showed.