Регіональна специфічність вірусної інтеграції

Abstract

Інтеграція ретровірусів у геном хазяїв до недавнього часу вважалася випадковою і на сьогодні не існує ясності, як впливають виявлені в місцях встановлених локальних ефектів в місцях інтеграції локальні ефекти на процес інтеграції в цілий геном. Використання композиційного підходу дало можливість встановити, що інтеграція ретровірусів відбувається у певні райони геному, які тотожні вірусним послідовностям за складом основ. Цю регіональну специфічність інтеграції доведено: 1) нашими експериментальними даними з локалізації ретровірусних послідовностей у різних композиційних ділянках геному; 2) результатами з інших лабораторій стосовно локалізації ретровірусних послідовностей у «відкритих» ділянках хроматину або/чи біля СрG-«острівців»; 3) нашим композиційним аналізом генів, розташованих по сусідству з інтегрованими вірусними послідовностями. Такий висновок має значення як для розуміння композиційної еволюції ретровірусних геномів, так і для генної терапії.

Интеграция ретровирусов в геном хозяев до недавнего времени считалась случайной и на сегодня еще нет ясности в отношении влияния установленных локальных эффектов в места:: интеграции на процесс интеграции в целый геном. Использование композиционного подхода позволило установить, что интеграция ретровирусов происходит в определенные районы генома, подобные вирусным, последовательностям по составу оснований. Такая региональная специфичность интеграции доказана: 1) нашими экспериментальными данными по локализации ретровирусных последовательностей в различных композиционных участках генома; 2) результатами других лабораторий по локализации ретровирусных последовательностей в «открытых» участках хроматина и/или в СрG-«островках», 3) нашим композиционным анализом генов, расположенных по соседству с интегрированными вирусными последовательностями. Этот вывод важен как для понимания композиционной эволюции ретровирусных геномов, так и для генной терапии.

The long-help general opinion was that retroviral integration into the cellular genome occurs at random and it is not clear how the local features of integration can be account for the pattern of integration over the whole genome. Using the compositional approach it was shown that viral integration takes place in some regions of the host genome which show a compositional match with viral sequences This regional specificity of retroviral integration has been demonstrated by: (i) our experimental localization of a number of viral sequences integrated in different compositional genomic compartments; (ii) results from other laboratories concerning the localization of retroviral sequences in open chromatin regions and/or next to CpG islands; (Hi) our compositional analysis of genes in the neihgborhood of integrated viral sequences. Such conclusion have, implications concerning the compositional evolution of retroviral genomes and gene therapy.