Генетический анализ вариантов ВИЧ-1 в Украине

Abstract

В статье представлены первые результаты анализа нуклеотидных последовательностей генов ВИЧ-1, полученных с помощью полимеразной цепной реакции на ДНК из крови украинских пациентов. Два из девяти исследованных образцов отнесены к подтипу А, остальные – к подтипу В. Обнаружен редковстречающийся вариант района V3 гена env ВИЧ-І Из двух показаний на путь передачи инфекции подтверждено одно

Представлено перші результати аналізу нуклеотидних послідовностей генів вірусу імунодефіциту людини типу І (ВІЛ-І), отриманих за допомогою полімеразної ланцюгової реакції на ДНК з крові українських пацієнтів. Два з дев'яти досліджених зразків віднесено до підтипу А, інші — до підтипу В, Знайдено варіант ділянки V3 гена env ВІЛ-І; цей варіант зустрічається рідко. З двох показань щодо шляху передачі інфекції підтверджено одне.

Here we report first results on genetic characterization of HIV-I samples from Ukraine using polymerase chain reaction (PCR) and viral genes sequencing. PCR was done on DNA from uncultured peripheral blood mononuclear cells of 7 male (all homosexual) and 2 female (one heterosexual and one injection drug user, IDV) HIV-1 seropositive individuals. After the PCR products cloning partial sequencing of HIV-1 gag gene (0.56 kb, p17-p24), HIV-I env gene (1.1 kb, CS-C5), and HIV-1 nef gene were performed. Nucleotide and deduced amino acid sequences were aligned to reference strains of different HIV-1 subtypes by CLUSTAL method and phylogenetic neighbor-joining trees were generated. By the results of phylogenetic analysis two HIV-1 samples (one from IDV and one from male homosexual) belonged to subtype A while others were clustered to subtype B by nucieotide as welt as by amino acid sequences. Most closely related env sequences wen; found in samples from a couple of homosexual partners. One rare V3 tip tetramer (RPGR) was found in subtype B env sequence. All three sequenced samples of HIV-I nef genes belonged to the subtype R. One nef sequence contains unusually long insert in Hie N-terminal region