Связывание фрагмента фенилаланиновой тРНК дрожжей, содержащего антикодоновую петлю, с 30S субчастицами и 70S рибосомами Escherichia coli

Abstract

Количественно изучали поли(U) – зависимое связывание 15 – нуклеотидного фрагмента аналога антикодоновой ветви дрожжевой тРНКPhe c 30S субчастицами и 70S рибосомами E.coli. Показано, что связывание с субчастицами обратимо, подавляется эдеином и частично тетрациклином и происходит на двух сайтах субчастицы. Сайт с большим сродством к фрагменту охарактеризован константами скорости ассоциации и диссоциации (2,3*10⁴ М⁻¹ с⁻¹ соответсвенно при 20°С) и константой равновесия ( 0,8*10⁷ М⁻¹при 37°С, 4*10⁷ М⁻¹ при 20°С и примерно 3*10⁸ М⁻¹ при 0°С). Второй сайт связываетфрагмент значительно слабее ( константа равновесия 0,4*10⁷ М⁻¹ при 20°С). 70S рибосомы взаимодействуют с фрагментом качественно и количественно почти так же, как 30S субчастицы. Описанная поли(U) – зависимая ассоциация фрагмента с 30S субчастицей очень сходна во всех отношениях с таковой для Phe – тРНКPhe. По аналогии с последней можно предположить, что более сильно связывающий сайт является частью Р – сайта, а более слабо – частью А – сайта рибосомы.

Кількісно вивчали полі (U)-залежне зв’язування 15-нуклеотидного фрагмента аналога антикодонової гілки дріжджової тРНКPhe з 30S субчастинками і 70S рибосомами E. coli. Показано, що зв’язування з субчастинками оборотне, пригнічується едеїном і частково тетрацикліном і відбувається на двох сайтах субчастинки. Сайт з великою спорідненістю до фрагмента охарактеризовано константами швидкості асоціації і дисоціації (2,3·10⁴ М⁻¹ с⁻¹ відповідно за температури 20 °С) і константою рівноваги (0,8·10⁷ М⁻¹ при 37°С, 4 ·10⁷ М⁻¹ при 20 °С і приблизно 3·10⁸ М⁻¹ при 0 °С). Другий сайт зв’язує фрагмент значно слабкіше (константа рівноваги 0,4 ·10⁷ М⁻¹ при 20 ° С). 70S рибосоми взаємодіють з фрагментом якісно і кількісно майже так само, як 30S субчастинки. Описана полі (U)-залежна асоціація фрагмента з 30S субчастинками загалом дуже подібна з такою для Phe-тРНКPhe. За аналогією з останньою можна припустити, що сайт, який зв’язує сильніше є частиною Р-сайта, а слабше – частиною А-сайта рибосоми.

The 15-nucleotide analog of the yeast tRNAPhe anticodon arm binds reversibly two sites of E. coli poly (U)-programmed 305 ribosomal subunits. There is a competition between the tRNAphe fragment and tRNAPhe for this binding. It is blocked totally by edeine and partially by tetracycline. The site with higher affinity for fragment has been characterized by association and dissociation rate constants and by equilibrium affinity constant. The second site reveals the affinity constant at 20 °C one order of magnitude lower. 70S ribosomes bind the fragment quantitatively and qualitatively in almost the same way as SOS subunits. The association of the fragment with 80S subunits is quite similar to analogous association of Phe-tRNAphe (Kirillov S. V. et al., 1980, Nucl. Acids Res., 8, 186-193). It permits supposing by analogy with the latter that the site with high affinity for the fragment can be presumably identified as a part of the P-site, and the site with lower affinity — as a part of the A-site of ribosomc.