Наукова електронна бібліотека
періодичних видань НАН України

Spectroscopic study of binding of a cationic Pheophorbide-a to an antiparallel quadruplex Tel22

Репозиторій DSpace/Manakin

Показати простий запис статті

dc.contributor.author Ryazanova, O.A.
dc.contributor.author Zozulya, V.N.
dc.contributor.author Voloshin, I.M.
dc.contributor.author Glamazda, A.Yu.
dc.contributor.author Dubey, I.Ya.
dc.contributor.author Dubey, L.V.
dc.contributor.author Karachevtsev, V.A.
dc.date.accessioned 2019-06-15T15:00:00Z
dc.date.available 2019-06-15T15:00:00Z
dc.date.issued 2019
dc.identifier.citation Spectroscopic study of binding of a cationic Pheophorbide-a to an antiparallel quadruplex Tel22 / O.A. Ryazanova, V.N. Zozulya, I.M. Voloshin, A.Yu. Glamazda, I.Ya. Dubey, L.V. Dubey, V.A. Karachevtsev // Вiopolymers and Cell. — 2019. — Т. 35, № 2. — С. 129-142. — Бібліогр.: 46 назв. — англ. uk_UA
dc.identifier.issn 0233-7657
dc.identifier.other DOI: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00099E
dc.identifier.uri http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/154389
dc.description.abstract Aim. To study the binding of a water-soluble cationic Pheophorbide-a derivative (CatPheo-a) ta a Na+–stabilized antiparallel quadruplex formed by 22-mer oligonucleotide d[AG3(T2AG3)3] of the human DNA telomeric sequence (Tel22, PDB ID: 143D). Methods. Absorption and polarized fluorescence spectroscopy were used to determine the properties of DNA–ligand complexes. Fluorescence titration was applied to evaluate the Tel22 dye binding affinity. Absorption melting was used to estimate the effect of CatPheo-a on thermodynamic parameters of the Tel22 quadruplex folding. IR spectroscopy was used to detect singlet oxygen generation . Results. CatPheo-a was found to bind effectively to the Tel22 quadruplex via two competitive binding modes, which are characterized by opposite changes in the dye fluorescence. The spectroscopic properties of CatPheo-a + Tel22 complexes were determined. Thermodynamic parameters of the Tel22 quadruplex folding with/without CatPheo-a were calculated. Conclusions. CatPheo-a destabilizes the quadruplex structure of Tel22 with a two-fold decrease in the equilibrium quadruplex folding constant at 37°C. The efficiency of singlet oxygen generation by CatPheo-a is higher than that by the anionic Pheo-a. uk_UA
dc.description.abstract Мета. Дослідити зв’язування водорозчинної катіонної похідної Феофорбіду-a (CatPheo-a) з Na+–стабілізованим антипаралельним квадруплексом, утвореним 22-мерним олігонуклеотидом d[AG3(T2AG3)3] теломерної послідовності ДНК людини (Tel22, PDB ID: 143D). Методи. Абсорбційна та поляризована флуоресцентна спектроскопія були застосовані для визначення властивостей комплексів ДНК–ліганд. Флуоресцентне титрування використовували для оцінки аффінності зв’язування барвника з Tel22. Абсорбційне плавлення було застосоване для оцінки впливу CatPheo-a на термодинамічні параметри формування квадруплексу Tel22. ІЧ-спектроскопію використовували для виявлення генерації синглетного кисню. Результати. Встановлено, що CatPheo-a ефективно зв’язується з квадруплексом Tel22 шляхом двох конкуруючих типів зв’язування, які характеризуються протилежними змінами флуоресценції барвника. Визначені спектроскопічні властивості комплексів CatPheo-a + Tel22. Розраховані термодинамічні параметри формування Tel22 квадруплексу з/без CatPheo-a. Висновки. Виявлено, що CatPheo-a дестабілізує структуру квадруплекса Tel22, знижуючи в 2 рази рівноважну константу його утворення при 37°C. Ефективність генерації синглетного кисню CatPheo-a вища, ніж у аніонного Pheo-a. uk_UA
dc.description.abstract Цель. Изучить связывание водорастворимого катионного производного Феофорбида-a (CatPheo-a) с Na+–стабилизированным антипараллельным квадруплексом, образованным 22-мерным олигонуклеотидом d[AG3(T2AG3)3] теломерной последовательности ДНК человека (Tel22, PDB ID: 143D). Методы. Абсорбционная и поляризованная флуоресцентная спектроскопия были применены для установления свойств комплексов ДНК–лиганд. Флуоресцентное титрование применяли для оценки аффинности связывания красителя с Tel22. Абсорбционное плавление было использовано для оценки влияния CatPheo-a на термодинамические параметры формирования квадруплекса Tel22. ИК-спектроскопию применяли для обнаружения генерации синглетного кислорода. Результаты. Установлено, что CatPheo-a эффективно связывается с квадруплексом Tel22 посредством двух конкурирующих типов связывания, которые характеризуются противоположными изменениями флуоресценции красителя. Определены спектроскопические свойства комплексов CatPheo-a + Tel22. Рассчитаны термодинамические параметры формирования Tel22 квадруплекса с/без CatPheo-a. Выводы. Установлено, что CatPheo-a дестабилизирует структуру квадруплекса Tel22, снижая в 2 раза равновесную константу его образования при 37°C. Эффективность генерации синглетного кислорода CatPheo-a выше, чем у анионного Pheo-a. uk_UA
dc.language.iso en uk_UA
dc.publisher Інститут молекулярної біології і генетики НАН України uk_UA
dc.relation.ispartof Вiopolymers and Cell
dc.subject Bioorganic Chemistry uk_UA
dc.title Spectroscopic study of binding of a cationic Pheophorbide-a to an antiparallel quadruplex Tel22 uk_UA
dc.title.alternative Спектроскопічне дослідження зв’язування катіонного Феофорбіду-a з антипаралельним квадруплексом Tel22 uk_UA
dc.title.alternative Спектроскопическое исследование связывания катионного Феофорбида-a с антипараллельным квадруплексом Tel22 uk_UA
dc.type Article uk_UA
dc.status published earlier uk_UA
dc.identifier.udc 577.323+577.113.7+535.34+535.372


Файли у цій статті

Ця стаття з'являється у наступних колекціях

Показати простий запис статті

Пошук


Розширений пошук

Перегляд

Мій обліковий запис