Mass-spectrometric and bioinformatic analysis of eEF1Bγ interactome in the cytoplasmic fraction of A549 cells

Abstract

Aim. To study protein networks containing the translation elongation factor eEF1B gamma (eEF1Bγ) in lung carcinoma cells. Methods. The protein partners of eEF1Bγ in the cytoplasmic fraction of human lung adenocarcinoma A549 cells were identified by co-immunoprecipitation (co-IP) followed by subsequent liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). The protein interaction network for eEF1Bγ was determined by a Cytoscape 3.2.0 program using a MCODE plugin. Results. 222 high-scored proteins interacting with eEF1Bγ in the cytoplasm of A549 cells have been identified. Possible functional networks involving these protein-protein interactions were predicted using bioinformatic approaches. Conclusions. Five protein networks were identified as possible targets of eEF1Bγ in lung cancer cells. Apart from translation, eEF1Bγγ was shown to be potentially involved in cell cycle regulation, nucleosome remodeling, transcription, mRNA splicing and processing, and oxidative stress response.

Мета. Виявити білкові мережі, до яких може входити фактор елонгації трансляції eEF1Bγ в клітинах карциноми легені. Методи. Білки-партнери eEF1Bγ у цитоплазматичній фракції клітин аденокарциноми легені людини А549 були ідентифіковані за допомогою ко-іммунопреципітації із наступною рідинною хроматографією та тандемною мас-спектрометрією (LC-MS/MS). Білкові мережі, до яких входить eEF1Bγ, визначали за допомогою програми Cytoscape 3.2.0 із плагіном MCODE. Результати. Ідентифіковано 222 білки-партнери eEF1Bγ в цитоплазматичній фракції клітин А549. Функціональні мережі, які можуть формуватися цими білками, були визначені біоінформатично. Висновки. На основі експериментальних даних винайдено п’ять білкових мереж, у яких може брати участь eEF1Bγ в клітинах аденокарциноми легені людини. Показано, що крім трансляційних компонентів, ці мережі формуються білками, задіяними у регуляції клітинного циклу, ремоделюванні нуклеосом, транскрипції, сплайсингу і процесінгу мРНК та клітинної відповіді на оксидативний стрес.

Цель. Выявить белковые сети, членом которых может быть фактор элонгации трансляции eEF1Bγ в клетках карциномы легкого. Методы. С помощью ко-иммунопреципитации с последующей жидкостной хроматографией и тандемной масс-спектрометрией были идентифицированы белки-партнеры eEF1Bγ в цитоплазматической фракции клеток аденокарциномы легкого людини А549. Белковые сети, в состав которых входит eEF1Bγ, определяли с помощью программы Cytoscape 3.2.0 с плагином MCODE. Результаты. Идентифицированы 222 белка-партнера eEF1Bγ в цитоплазматической фракции клеток А549. Функциональные сети, которые могут формироваться этими белками, были определены биоинформатически. Выводы. На основании экспериментальных данных найдено пять белкових сетей, в которых может участвовать eEF1Bγ в клетках аденокарциномы легкого человека. Показано, что кроме трансляционных компонентов, эти сети формируются белками, задействованными в регуляции клеточного цикла, ремоделировании нуклеосом, транскрипции, сплайсинга и процессинга мРНК и клеточного ответа на оксидативный стресс.