Исследование побочных реакций в синтезе фрагментов ДНК Н-фосфонатным методом

Abstract

Изучены основные побочные реакции, сопутствующие межнуклеотидной конденсации в Н-фосфонатном методе олигонуклеотидного синтеза, и исследована их кинетика в присутствии ряда оснований. Найдены устойчивые модификации гетероциклических оснований пивалоилхлоридом. Показано, что ацилирование P–Н-свяэей приводит к расщеплению олигонуклеотидной цепи в местах, содержащих P–С-связи. Обнаружено, что скорость побочных реакций в несколько раз ниже в хинолине, чем в более основном пиридине.

Вивчено основні побічні реакції, що супроводжують міжнуклеотидну конденсацію в Н-фосфонатпому методі олігонуклеотидного синтезу, та досліджено їх кі- нетику в присутності ряду основ. Знайдено стійкі модифікації гетероциклічних основ півалоїлхлоридом. Показано, що ацилювання P–Н-зв'язків призводить до розщеплення олігонуклеотидного ланцюга в ділянках, що містять P–С-зв'язки. Виявлено, що швидкість побічних реакцій в декілька разів нижча у хіноліні, ніж в більш основному піридині.

Possibe side-reactions during the internucleotide condensation in H-phosphonate oligonucleotide synthesis, such as OH-component and P–H bonds acylatiorr and base modification, and their kinetics in presence of some bases have been studied. Stable modifications of heterocyclic bases by pivaloyl chloride were observed. It has been shown that P–H bonds acylation leads to oligonucleotide chain cleavage at acylated sites. The side-reactions rates were found to be several times lower in quinoline than in more basic pyridine.