Метод поиска функционально важных областей белков и пептидов по аминокислотной последовательности

Abstract

Предлагается эмпирический метод предсказания функционально важных областей белков и пептидов. Рассматриваются только такие функционально важные участки, остатки которых располагаются близко в последовательности (линейные или непрерывные функционально важные участки). В основе метода лежит ранее обнаруженная корреляция между локализацией известных непрерывных функционально важных областей в последовательностях белков и низкими значениями профилей сходства этих последовательностей с последовательностями белков человека [7]. Применение предлагаемого метода к большому набору белков позволяет правильно предсказать более половины из известных непрерывных функциональных центров.

Пропонується емпіричний метод передбачення функціонально важливих областей білків і пептидів. Розглядаються лише такі функціонально важливі ділянки, залишки яких розташовані близько в послідовності (лінійні або безперервні функціонально важливі ділянки). В основі методу лежить раніше виявлена кореляція між локалізацією відомих безперервних функціонально важливих областей в послідовностях білків і низькими значеннями профілів подібності цих послідовностей з послідовностями білків людини [7]. Застосування запропонованого методу до великого набору білків дозволяє правильно передбачити більше половини з відомих безперервних функціональних центрів.

An empirical method for predicting functionally important regions in protein and peptide sequences is suggested. It concerns only linear or continues regions (those consisting of residues closely placed in the sequence). The method is based on an already obtained correlation between continuous protein regions known to be functionally important and corresponding resemblance profile low values. The method allows predicting correctly more than a half of the known continuous functional centers for the large protein set.