Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа

Abstract

Транскриптом первинних гепатоцитів щура, культивованих з інтерфероном альфа (ІФН) впродовж трьох і шести годин, досліджували із залученням олігонуклеотидних мікромасивів. Мета. Проведення поетапного аналізу результатів мікромасив-експерименту і визначення відповідності або невідповідності критеріїв оцінки результатів загальноприйнятим значенням. Методи. Аналіз здійснювали на файлах, отриманих після сканування мікромасивів Affymetrix, із використанням статистичного середовища R, пакетів функцій Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» і програми BRB Array Tools із застосуванням парного Т-тесту. Результати. Усі мікромасиви пройшли контроль якості, нормалізовані і порівнянні між собою. За результатом Т-тесту знайдено 28 і 124 диференційно експресованих гени відповідно після трьох і шести годин культивування клітин з ІФН. Висновки. Одержані дані відповідають узвичаєним критеріям якості і придатні для подальшого встановлення їхнього біологічного значення. Використані в роботі R-коди можна застосовувати при обробці результатів мікромасив-експериментів.

Транскриптом первичных гепатоцитов крысы, культивированных с интерферона альфа (ИФН) в течение трех и шести часов, исследовали с привлечением олигонуклеотидных микромассивов. Цель. Поэтапный анализ результатов микромассив-эксперимента и определение соответствия или несоответствия критериев оценки результатов общепринятым значениям. Методы. Анализ осуществляли на файлах, полученных после сканирования микромассивов, с использованием статистической среды R, пакетов функций Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» и программы BRB Array Tools с применением парного Т-теста. Результаты. Все микромассивы прошли контроль качества, нормализованы и сравнимы между собой. По результатам Т-теста найдены 28 и 124 дифференциально экспрессированых гена соответственно после трех и шести часов культивирования клеток с ИФН. Выводы. Полученные данные отвечают общепринятым критериям качества и пригодны для дальнейшего определения их биологического значения. Использованные в работе R-коды можно применять для обработки результатов микромассив-экспериментов.

The changes induced in transcriptome of rat hepatocytes treated with interferon alpha (IFN) during three and six hours were analyzed by DNA microarray. Aim. To conduct a stepwise analysis of the results of microarray experiment and to determine whether they meet/fail to the conventional requirements. Methods. The files obtained after scanning microarrays were subjected to the analysis in statistical environment R by Bioconductor’s packages «affy», «simpleaffy», «affyPLM» and BRB Array Tools software for paired T-test. Results. All microarrays had quality metrics lying within recommended ranges, passed quality control, were normalized and are comparable with each other. The T-test revealed 28 and 124 differentially expressed genes after three and six hours of cells cultivation with IFNα , respectively. Conclusions. The obtained data meet the conventional criteria of quality and are applicable for further evaluation of their biological significance. The R-codes used in this study can be used for the analysis of the microarrays data.