Конформационный анализ фрагмента 1–45 аденилаткиназы кролика на основе данных двухмерной спектроскопии ядерного эффекта Оверхаузера

Abstract

С помощью разработанного ранее расчетно-теоретического метода определены, по литературным данным двухмерной спектроскопии ядерного эффекта Оверхаузера, локальные структуры фрагмента 1–45 аденилаткиназы кролика в свободном и связанном с MgATP состояниях. Идентифицированы элементы вторичной структуры фрагмента и выполнен анализ конформаций его «неструктурированных» участков. Проведено сопоставление конформации фрагмента в растворе с конформацией сегмента 1–45 рентгеновской структуры аденилаткиназы свиньи. Проанализированы конформационные перестройки, происходящие при взаимодействии фрагмента с MgATP.

За допомогою розробленого раніше резрахунково-теоретичного методу визначені, за літератур ними даними двомірної спектроскопії ядерного ефекту Оверхаузера, локальні структури фрагмента 1–4.) аденілаткінази кроля у вільному і зв'язаному з MgATP станах. Ідентифіковано іентп вторинної структури фрагмента і проведено аналіз конформацій його «нестру.чтуоованпх» ділянок. Також співставлені конформації фрагменту у розчині з конформацією сегменту 1–45 рентгенівської структури аденілаткінази свині. Проаналізовано конформаційні перебудови, що відбуваються при взаємодії фрагмента з MgATP.

The conformations of a synthetic peptide corresponding to residues 1–45 of rabbit adenylate kinase in free and MgATP-bound states were determined in terms of the two-dimensional nuclear Overhauser effect spectoscopy data using the earlier suggested method. The elements of the regular secondary structure were identified and the conformations of its irregular segments were analyzed for both peptide states. The comparison was made between peptide conformation in the solution and conformation of fragment 1–45 of the X-ray structure of porcine adenylate kinase. The conformations of most of aniino acid residues in solution and crystal form were shown to be similar. The conformational changes of the peptide caused by its interaction with MgATP were investigated using the results above.