Алгоритм ускоренного построения точечных матриц гомологии

Abstract

Метод анализа гомологичных участков с помощью точечных матриц гомологии заключается в нахождении и отображении на прямоугольной матрице общих для двух последовательностей слов, в которых совпадает определенное количество букв. Предложен алгоритм ускоренного построения таких матриц с различными параметрами фильтрации.

Метод аналізу гомологічних ділянок за допомогою точкових матриць гомології складається із знаходження відображення на прямокутній матриці загальних для двох послідовностей слів, цебто послідовностей довжиною W, в яких співпадають не менше M літер. Запропоновано алгоритм прискореного створення таких матриць з різними параметрами фільтрації.

The method for analysis of homologous regions using dot matrices consists in finding and graphical representation of words common for two sequences on a rectangular matrix, i. e. subsequencies of length W with at least M coinciding letters. The algorithm: is suggested for accelerated calculation of dot matrices with the different filtration parameters. The time saving equals 6.8 times for parallel calculation of four windows.