Контекстный анализ линейных плазмидоподобных ДНК митохондрий кукурузы: гомология с вирусными последовательностями

Abstract

С использованием контекстного анализа и банка данных нуклеотидных последовательностей установлено, что линейные S1 и S2 плазмидоподобные ДНК митохондрий кукурузы включают участки неслучайной гомологии с последовательностями пяти различных эукариотических вирусов (ретровируса птиц, флебовируса, вируса гриппа, вируса гепатита, вируса SV40). Отмечена высокая насыщенность участков гомологии короткими олигонуклеотидными сайтами, наличие которых характерно для областей ДНК с активно идущими процессами сайт-специфической рекомбинации. Обнаруженные участки гомологии имеют длину от 60 до 130 нуклеотидных пар а входят в состав функционально важных областей вирусных геномов и плазмидоподобных ДНК митохондрий.

При використанні контекстного аналізу і банку даних нуклеотидних послідовностей встановлено, що лінійні Sl и S2 плазмідоподібні ДНК мітохондрій кукурудзи містять ділянки невипадкової гомології з послідовностями п'яти різних еукаріотичних вірусів (ретровірусу птахів, флебовірусу, вірусу грипу, вірусу гепатиту, вірусу SV40). Довжина знайдених ділянок гомології змінюється від 60 до 130 нуклеотидних пар. У складі ділянок гомології знаходяться короткі олігонуклеотидні сайти, присутність яких є характерною ознакою областей ДНК з активними процесами рекомбінації. На основі одержаних результатів і даних літератури зроблено припущення про можливість переносу чужерідної генетичної інформації у мітохондріальний геном рослин за допомогою механізму зворотньої транскрипції.

Contextual analysis and data bank of the nucleotide sequences has revealed that the linear Sl and S2 plasmid-like maize mitochondrial DNA include homology with sequences of five different eukaryotic viruses (avian retrovirus, phleobovirus, influenza virus, virus of hepatitis, SV40). The homologous regions are found to contain short oligonucleotide sites characteristic of DNA regions with active site-specific recombination processes. The length of regions with homology varies from 60 to 130 base pairs. As based on the results obtained it is assumed as possible to transfer foreign genetic information to the mitochondrial genome of plants using reverse transtription mechanism.