Компьютерный поиск в Аlu-повторах промотороподобных последовательностей для РНК-полимеразы II и потенциальных пептидов Alu

Abstract

В первом мономере Alu-повторов компьютерным анализом обнаружены CAAT- и TATA-блоки, характерные для промоторов эукариотических генов, транскрибируемых PHK-полимеразой II. Во втором мономере Alu-повторов обнаружены открытые рамки считывания, кодирующие короткие пептиды. Два мажорных класса этих пептидов составляют около 75% всех потенциальных пептидов Alu, они названы соответственно EAE- и GG-потенциальными пептидами Alu.

У першому мономері Alu-повторів комп'ютерним аналізом виявлені CAAT- і TATA- блоки, які характерні промоторам еукаріотичиих генів, що транскрибуються РНК-полімеразою II. У другому мономері Alu-повторів знайдені відкриті рамки зчитування, які кодують короткі пептиди. Два мажорних класи цих пептидів складають біля 75 % усіх потенціальних пептидів Alu, їх названо відповідно EAE- та GG-потенційнимн пептидами.

CAAC and TATA boxes typical on many eukaryotic RNA-polymerase II promoters are observed in the first monomer of Alu-repeats. The computer analysis has shown that these boxes are homological to corespondent functional sites. Open reading frames coding short peptides are found in the second monomer of Alu-repeats. Two major types of peptides are distinguished among these potential peptides. They contain up to 75 % of all the peptides and are called EAE and GG-peptides, respectively.