Novel epigenetic markers of early epithelial tumor growth and prognosis

Abstract

The present work is aimed at clarifying genetic and epigenetic alterations that occur during carcinogenesis and designing perspective sets of newly identified biomarkers. The tumors of kidney, cervix, colon, ovary, and lung were analyzed in our work, using the chromosome 3 specific NotI microarrays (NMA). We have found loci/genes with essential changes in gene methylation of tumor samples. Changes in expression for these genes were confirmed. The Not-I microarray results have been used to develop epigenetic marker panels for the early detection of different tumor types (ovary and lung cancer), to discriminate the stages of tumor growth and to determine whether the tumor is metastasizing. Marker panel designing is of great perspective in clinical medicine.

В огляді розглянуто генетичні та епігенетичних зміни, які відбуваються при утворенні пухлин, та пошук перспективних наборів нових біомаркерів. Представлено дані NotI-мікрочіпів для 3-ї хромосоми людини щодо змін у пухлинах нирок, шийки матки, товстого кишечника, яєчників і легень. Знайдено локуси/гени з істотними змінами метилювання у зразках пухлин, які супроводжуються зниженням експресії відповідних генів. Результати мікрочіпів використано для розробки панелей епігенетичних маркерів ранньої детекції різних типів пухлин (яєчників і легенів), а також для розрізнення ступенів прогресії пухлин і виявлення метастазів. Створення подібних панелей маркерів є перспективним для засто- сування в клінічній медицині.

В обзоре рассмотрены генетические и эпигенетические изменения,сопутствующие образованию опухолей, и поиск перспективных наборов новых биомаркеров. Представлены данные NotI-микрочипов для 3-й хромосомы человека относительно изменений в опухолях почек, шейки матки, толстого кишечника, яичников и легких. Найдены локусы/гены с существенными изменениями метилирования в образцах опухолей, сопровождающимися снижением экспрессии соответствующих генов. Результати микрочипов использованы для разработки панелей эпигенетических маркеров ранней детекции разних типов опухолей (яичников и легких), а также для дифференцирования степени прогрессии опухолей и выявления метастазов. Создание подобных панелей маркеров является перспективным для применения в клинической медицине.