Development of MLPA approach for SNP detection in MTHFR, F5 and F2 genes

Abstract

Single nucleotide polymorphism (SNP) is an important and valuable form of DNA variation among individuals. Various methods for SNP genotyping have been developed, but a few are suitable for the flexible and low-cost applications. Aim. To design probes and develop diagnostic methods for the analysis of polymorphic variants of the genes MTHFR, F5, F2 using the multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Methods. Hybridization and ligation approaches. Results. The specific LPO and RPO probes and primers were designed, the composition and concentration of key components of the mixture for the MLPA reaction, as well as the temperature conditions were selcted. Conclusions. The developed methods are ideally suited for the small-scale SNP genotyping, routinely performed in the medium-sized research laboratories, and can be used for the creation of different test systems for DNA markers.

Однонуклеотидні поліморфізми є важливою та вагомою формою генетичної варіабельності ДНК серед індивідів. Наразі розроблено велику кількість методів для генотипування даних поліморфізмів, але кількість універсальних та недорогих обмежена. Мета. Дизайн олігонукленидних зондів та розробка діагностичних методик для аналізу поліморфних варіантів генів MTHFR, F5, F2 з використанням мультиплексної лігазної реакції. Методи. Гібридизація, лігазна реакція. Результати. Розроблено дизайн специфічних LPO та RPO олігонуклеотидних зондів та праймерів, підібрано склад та концентрації ключових компонентів реакційної суміші для MLPA реакції, а також оптимальні тем­пе­ратурно-часові режими. Розроблені методики апробовані на зразках ДНК з різними алельними варіантами досліджуваних поліморфізмів з використанням референсних зразків ДНК. Висновки. Розроблені методики ідеально підходять для генотипування вибіркових SNP, яке, зазвичай, проводиться в невеликих науково-дослідних лабораторіях, а також можуть бути використані створення різних тест-систем ДНК-маркерів.

Однонуклеотидные полиморфизмы являются важной и весомой формой генетического разнообразия ДНК среди индивидов. В настоящее время разработано большое число методов для генотипирования этих полиморфизмов, но среди них мало универсальных и недорогих. Цель. Дизайн олигонуклеотидных зондов и разработка диагностических методик для анализа полиморфных вариантов генов MTHFR, F5, F2 с использованием мультиплексной лигазной реакции. Методы. Гибридизация, лигазная реакция. Результаты. Разработан дизайн специфических LPO и RPO олигонуклеотидных зондов и праймеров, подобран состав и концентрации ключевых компонентов реакционной смеси для MLPA реакции, а также оптимальные температурно-временные режимы. Разработанные методики апробированы на образцах ДНК с различными аллельными вариантами изучаемых полиморфизмов с использованием референсных образцов ДНК. Выводы. Разработанные методики идеально подходят для генотипирования выборочных SNP, которое обычно проводится в небольших научно-исследовательских лабораториях, а также могут быть использованы создания различных тест-систем ДНК-маркеров.