Олигонуклеотидные последовательности, избирательно связываемые РНК-полимеразой E. соli

Abstract

Установлено, что РНК-полимераза Е. coli избирательно связывает определенные олигонуклеотиды из статистических изоплитных наборов, получаемых эндонуклеазным гидролизом ДНК или РНК. Связывание осуществляется только каталитически активным ферментом в условиях, оптимальных для транскрипции. При использовании синтетических олигодезоксирибонуклеотидов показано, что эффективное связывание происходит с олигонуклеотидами, относящимися к "—10" области промоторов, включающими блок Прибноу и фланкирующие его нуклеотиды до точки инициации транскрипции. Олигонуклеотиды, несущие на 5'-конце алкилирующие группы, ковалентно связываются с РНК-полимеразой: производные дезоксиолигонуклеотидов связываются при этом с σ-субъединицей, а производные рибоолигонуклеотидов — β- и β'-субъединицами.

Встановлено, що РНК-полімераза Е. coli вибірково зв’язує певні олігонуклеотиди зі статистичних ізоплітних наборів, одержуваних ендонуклеазним гідролізом ДНК або РНК. Зв’язування здійснюється тільки каталітично активним ферментом за умов, оптимальних для транскрипції. При використанні синтетичних олігодезоксирибонуклеотидів показано, що ефективне зв’язування відбувається з олігонуклеотидами, які локалізуються в "–10" області промоторів, що містять блок Прибноу і фланкуючі його нуклеотиди до точки ініціації транскрипції. Олігонуклеотиди, що несуть на 5'-кінці алкілувальні групи, ковалентно зв’язуються з РНК-полімеразою: похідні дезоксиолігонуклеотидів зв’язуються при цьому з σ-субодиницею, а похідні рибоолігонуклеотидів – з β- і β'-субодиницями.

It is found that E. coli RNA polymerase selectively binds certain oligonucleotides from the random isoplith mixtures obtained by nuclease digestion of either DNA or RNA. The binding is realized only by catalytically active enzyme under conditions optimal for transcription. Using syntetic oligodeoxyribonucleotides of definite sequences is shown that the efficient binding occurs with oligonucleotides related to the «—10» promoter region comprising the Pribnow box and downstream flankng nucleotides up to the transcription initiation site. Oligonucleotides provided with 5'-terminal aklylating groups are covalently bound to RNA polymerase, σ-subunit being labelled with deoxyribonucleotide derivative and β,β'-subunits — with ribooligonucleotide ones.