Создание библиотеки кДНК из меристемы метелки пальчатого проса

Abstract

Апробирован протокол получения полноразмерной кДНК на основе набора SuperScript® Full-Length cDNA Library Construction Kit II («Invitrogen» США) и роздана высококачественная библиотека кДНК из меристематической ткани метелки пальчатого проса (Eleusine coracana (L.) Gaertn). Средний титр полученной библиотеки кДНК составил 3,01•105 КОЕ/мл, средняя длина вставки – около 1070 пар оснований, средняя эффективность встраивания кДНК фрагментов– 99,5 %. Проведено выборочное секвенирование клонов созданной библиотеки кДНК. Последовательности кДНК клонов идентифицированы с помощью BLAST поиска. Результаты анализа библиотеки кДНК и выборочного секвенирования свидетельствуют о хорошей функциональности и полноразмерности вставок кДНК клонов. Библиотека кДНК меристемы метелки пальчатого проса представляет собой хороший и надежный источник выделения и идентификации ключевых генов метаболизма и развития меристемы, а также получения новых генетических маркеров для проведения генетических исследований и молекулярной селекции.

Апробовано протокол отримання повнорозмірної кДНК на основі набору SuperScript® Full-Length cDNA Library Construction Kit II (»Invitrogen ,«США) та створено бібліотеку кДНК з меристематичної тканини волоті пальчастого проса (Eleusine coracana (L.) Gaertn). Середній титр отриманої бібліотеки кДНК склав 3,01 • 105 КУО/мл, середня довжина вставки кДНК – біля 1070 пар основ, середня ефективність вбудовування фрагментів кДНК – 99,5 %. Проведено вибіркове секвенування клонів створеної бібліотеки кДНК. Послідовності клонів кДНК ідентифіковані за допомогою BLAST пошуку. Результати аналізу бібліотеки кДНК і вибіркового секвенування свідчать про достатній рівень функціональності та повнорозмірності клонів кДНК. Створена бібліотека кДНК меристеми волоті пальчастого проса є надійним джерелом виділення та ідентифікації нових ключових генів метаболізму ітку меристеми, а також отримання нових генетичних маркерів для проведення генетичних досліджень та молекулярної селекції.

A protocol to obtain full-length cDNA using a SuperScript® Full-Length cDNA Library Construction Kit II (Invitrogen, United States) was developed, and a high quality cDNA library of meristem tissue of finger millet panicle (Eleusine coracana (L.) Gaertn) was constructed. The titer of the constructed cDNA library was 3.01 × 105 CFU/mL, the average length of the insert was approximately 1070 base pairs, and the average efficiency of insertion of cDNA fragments was 99.5%. The sequencing of randomly selected clones created cDNA library was carried out. The cDNA sequences of clones were identified by BLAST search. The cDNA library analysis and selective sequencing indicate good functionality and full size of cDNA inserts of the clones. The constructed cDNA library from meristematic tissue of finger millet panicle is a good and reliable source for isolation and identification of key genes of metabolism and development of meristem as well for creation of new genetic markers for genetic research and molecular selection.