Структурна організація 5S рибосомної ДНК Rosa rugosa

Abstract

З метою вивчення молекулярної організації ділянки геному, що кодує 5S рРНК у диплоїдного виду Rosa rugosa, клоновано та секвеновано декілька повторюваних одиниць 5S рДНК. Аналіз отриманих послідовностей показав наявність в геномі єдиного за довжиною повторюваної одиниці варіанта 5S рДНК, який містить інтактні промоторні елементи в міжгенному спейсері (МГС) й імовірно є транскрипційно активним. Знайдено також невелику кількість 5S рДНК-псевдогенів, у яких повністю втрачено МГС та частину кодуючої ділянки. Високий рівень подібності (від 93,7 до 97,5 %), виявлений при порівнянні послідовностей МГС мажорних варіантів 5S рДНК східноазійської R. rugosa та північноамериканської R. nitida, свідчить про відносно недавню дивергенцію цих видів.

С целью изучения молекулярной организации участка генома, кодирующего 5S рРНК у диплоидного вида Rosa rugosa, клонированы и секвенированы несколько повторяющихся единиц 5S рДНК. Анализ полученных последовательностей показал наличие в геноме единственной по длине повторяющейся единицы варианта 5S рДНК, который содержит интактные промоторные элементы в межгенном спейсере (МГС) и, вероятно, является транскрипционно активным. Обнаружено также ограниченное количест-во 5S рДНК-псевдогенов, у которых полностью ут-рачены МГС и часть кодирующего участка. Высокий уровень сходства (от 93,7 до 97,5 %), выявленный при сравнении МГС мажорных вариантов 5S рДНК восточноазиатской R. rugosa и североамериканской R. nitida, свидетельствует об относительно недавней дивергенции этих видов.

For studying the molecular organization of the genomic region coding for 5S rRNA in the diploid species Rosa rugosa, several 5S rDNA repeat units were cloned and sequenced. An analysis of the obtained sequences revealed that in the genome only one length variant of the 5S rDNA repeated unit is present that contains intact promoter elements in the intergenic spacer (IGS) and appears to be transcriptionally active. In addition, a limited number of 5S rDNA pseudogenes were detected with a complete loss of the IGS and a portion of the coding region. The high level of sequence similarity (from 93.7 to 97.5%), revealed by comparing the IGS of the major 5S rDNA variants of East Asian R. rugosa and North American R. nitida, indicates a relatively recent divergence of these species.