Comparison of microarray and sage techniques in gene expression analysis of human glioblastoma

Abstract

Для выявления маркеров глиобластомы мы сравнили экспрессию генов в глиобластоме и нормальном головном мозге, используя вэб-сайт SAGE Genie, и сравнили полученные результаты с опубликованными данными. Девять SAGE-библиотек глиобластом и пять SAGE-библиотек нормального головного мозга были проанализированы с использованием программы Digital Gene Expression Displayer (DGED), результаты DGED были проверены нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР произвольно отобранных генов. Обзор имеющихся данных из статей по профилированию экспрессии генов гибридизацией микрочипов показал 35 общих генов с повышенной экспрессией в глиобластоме. Некоторые из них были выявлены в четырех работах, однако большинство генов обнаружено только в трех или даже в двух исследованиях. Имеются различия и в результатах исследований с использованием техники SAGE. Метод DGED выявил 676 дифференциально экспрессирующихся генов с более чем двукратным изменением экспрессии в глиобластоме и P ≤ 0.05. Дифференциальная экспрессия отобранных генов, выявленных DGED, была подтверждена нозерн-гибридизацией и ОТ-ПЦР. Всего только 118 из 955 генов, представленных в опубликованных работах, были среди генов, обнаруженных DGED. Сравнение результатов анализа микрочипов и SAGE затруднено тем, что авторы показывают только наиболее представительные дифференциально экспрессирующиеся гены, однако даже имеющиеся данные по анализу микрочипов плохо перекрываются между собой. Некоторые различия между результатами, полученными SAGE в различных исследованиях, могут быть объяснены высокой зависимостью от используемых статистических расчетов. Наилучшим решением при поиске молекулярных опухолевых маркеров сейчас может быть сравнение всех имеющихся данных и отбор только тех генов, существенная экспрессия которых в опухолях комбинируется с очень низким уровнем экспрессии в нормальной ткани и репродуцируется в нескольких работах. Общие для двух методов 118 генов могут быть включены в список кандидатов для молекулярного типирования глиобластом. Некоторые гены, кодирующие белки поверхности клеток или экстраклеточные белки, могут быть мишенями при иммунотерапии глиом.