Вторичная структура домена PBS вируса иммунодефицита человека субтипов B, C, D и F

Abstract

Проведено філогенетичне дослідження вторинної структури домену PBS, який відповідає за ініціацію оберненої транскрипції, для 941 ізоляту ВІЛ-1 субтипів B, C, D і F. Показано, що PBS-сигнал, три додаткових сайти зв'язування з праймером, а також два дуплекси, що впізнаються оберненою транскриптазою, висококонсервативні для більшості ізолятів досліджених субтипів. Вперше виявлено особливості структури PBS-частини, шпильки U5 та нижньої частини домену PBS для ізолятів кожного з досліджених субтипів. Показано зокрема, що шпилька, яка містить PBS-сигнал, має різну довжину (11–24 нт) і стабільність (4–10 ккал/моль), що зумовлено в основному мутаціями в положеннях 85 і 86. Також виявлено, що шпилька U5 має три основні форми, які відрізняються за структурою середньої частини шпильки та різним експонуванням додаткових сайтів зв'язування з праймером.

Phylogenetic analysis of the secondary structure of PBS domain directing the reverse transcription initiation has been conducted for 941 HIV-1 isolates of B, C, D, and F subtypes. PBS signal and three additional sites for tRNA(lys3) primer binding have been shown to be highly conserved among all subtypes studied, and two duplexes recognized by reverse transcriptase also appeared to be conserved in most isolates studied. The structural peculiarities of PBS part, U5-hairpin, and bottom part of PBS domain have been determined for each subtype studied. In particular, a hairpin with PBS signal was shown to be of different length (11–24 nt) and stability (4–10 kcal/mole) depending mainly on base changes at positions 85 and 86. U5-hairpin was found to have three main forms which differ in the structure of the middle part and in the exposure of additional sites for primer binding.