Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти — структурної ланки ДНК

Домашня сторінка
→
Загальнонаукова періодика
→
Доповіді Національної академії наук України
→
Доповіді НАН України, 2010
→
Доповіді НАН України, 2010, № 09
→
Переглянути статтю

Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти — структурної ланки ДНК

Ніколаєнко, Т.Ю. ; Говорун, Д.М.

Інші назви: Quantum-mechanical conformational analysis of 2'-deoxycytidilic acid molecule — the DNA structural unit

Тема: Біофізика

УДК: 539.194

URI: http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/30409

Посилання: Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти — структурної ланки ДНК / Т.Ю. Ніколаєнко, Д.М. Говорун // Доп. НАН України. — 2010. — № 9. — С. 173-184. — Бібліогр.: 15 назв. — укр.

Підтримка: Автори висловлюють щиру вдячнiсть Р.О. Журакiвському (Iнститут молекулярної бiологiї i генетики НАН України) за наданi поради щодо пошуку повного сiмейства конформерiв; а також корпорацiї “Gaussian Inc.” (США) за люб’язно наданий Д.М. Говоруну грант — пакет “GAUSSIAN03” для платформи win32.

Дата: 2010

Завантажень: 856

Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти — структурної ланки ДНК

Анотація:

На рівні теорії MP2/6-311G++(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) вперше отримано повне сімейство конформерів молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти. Проаналізовано розподіли значень її торсійних кутів і порівняно з такими в молекулі 2'-дезоксицитидину. Виявлено кореляцію між амплітудою псевдообертання фуранозного кільця і syn-орієнтацією нуклеотидної основи. Охарактеризовано ''тонкі'' конформаційні параметри, що описують непланарність кільця нуклеотидної основи і деяких його бічних груп.

The full set of 2'-deoxycytidilic acid molecule conformers has been obtained by ab initio quantum mechanical calculations at the MP2/6-311G++(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) theory level. The distributions of torsion angles are analyzed and compared with those of a 2'-deoxycytidine molecule. The strong correlation between the sugar puckering amplitude and the syn-orientation of the nucleotide base unit is revealed. 'Fine' conformational parameters defining a nonplanarity of the base ring and its side groups are characterized.

Показати повний запис статті