Стерическая доступность ДНК для молекул воды и ионов при В – D-переходе

Abstract

Методом Ли и Ричардса рассчитана стерическая доступность атомов ДНК в В- и D-формах для молекул воды. Показано, что уменьшение доступности нуклеотидов в D-форме, отражающее более экономную гидратацию D-конформации по сравнению с В-конфррмацией ДНК, происходит главным образом за счет сужения гликозидного желобка двойной спирали. Оценена также доступность D-формы для ионов натрия. По результатам расчетов обсужден механизм В — D-перехода в AT-богатых ДНК.

Методом Лі і Річардса розраховано стеричну доступність атомів ДНК у В- і D-формах для молекул води. Показано, що зменшення доступності нуклеотидів у D-формі, що відображає економнішу гідратацію D-конформації порівняно з В-конфрмацією ДНК, відбувається головним чином за рахунок звуження глікозидного жолобка подвійної спіралі. Оцінено також доступність D-форми для іонів натрію. За результатами розрахунків обговорено механізм В?D-переходу в AT-багатих ДНК.

Steric accessibility of DNA atoms in the B and D forms for water molecules has been calculated by the Lee and Richards method. It is shown that a decrease in the D-form nucleotide accessibility, reflecting more economic hydration of the D conformation as against the DNA B conformation is mainly induced by the narrowing of the double helix minor groove. D-form accessibility for sodium ions has been estimated as well. B-D transition mechanism in the AT-rich DNAs is discussed with allowance for the results of calculations.